我正在尝试构建自己的R包。 在这个程序包中,我正在编写一个函数,该函数可以将基因名称自动转换为基因ID。
例如,如果我给gene_name = S100A8
,那么它将给我6279
我正在尝试使用下面的函数,并且在我的包中,我还在该函数之前使用了此roxygen2
命令,以将该包导入名称空间:
#' @import org.Hs.eg.db
当我在程序包中运行此功能时(测试时):
id <- function(gene_info) {
entrez_id <- as.numeric(unlist(mget(x=gene_info, envir=org.Hs.egALIAS2EG)))
}
它总是给我这个错误:
Error in mget(x = gene_info, envir = org.Hs.egALIAS2EG) :
second argument must be an environment
我不确定该怎么做。 当我在程序包外运行此代码时,它可以工作。 但是,在我构建的程序包中,它失败了。