构建我自己的程序包时,在mget中找不到“ org.Hs.egALIAS2EG”,

时间:2018-09-07 19:04:09

标签: r package r-package roxygen2

我正在尝试构建自己的R包。 在这个程序包中,我正在编写一个函数,该函数可以将基因名称自动转换为基因ID。

例如,如果我给gene_name = S100A8,那么它将给我6279

我正在尝试使用下面的函数,并且在我的包中,我还在该函数之前使用了此roxygen2命令,以将该包导入名称空间:

#' @import org.Hs.eg.db

当我在程序包中运行此功能时(测试时):

id <- function(gene_info) {
    entrez_id <- as.numeric(unlist(mget(x=gene_info, envir=org.Hs.egALIAS2EG)))
}

它总是给我这个错误:

Error in mget(x = gene_info, envir = org.Hs.egALIAS2EG) : 
  second argument must be an environment 

我不确定该怎么做。 当我在程序包外运行此代码时,它可以工作。 但是,在我构建的程序包中,它失败了。

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