Question

TL; DR 尝试将$(($LSB_JOBINDEX-1))形式的计算传递给集群调用，但出现错误

$((2-1)): syntax error: operand expected (error token is "$((2-1))")

如何正确转义或使用其他替代命令才能正常工作？

详细信息：

要实现工作流程中的自动化，我目前正在尝试编写一个脚本，该脚本以预定义的顺序自动发出bsub命令。

其中一些命令是数组作业，应该分别在文件上工作。如果在没有集群调用的情况下完成，它将看起来像这样：

samplearray=(sample0.fasta sample1.fasta) #array of input files
for s in samplearray
    echo $s #some command on $s
done

对于我要使用数组作业的集群调用，此命令如下所示：

bsub -J test[1-2] 'samplearray=(sample0.fastq sample1.fastq)' echo '${samplearray[$(($LSB_JOBINDEX-1))]}'

这将启动两个分别将LSB_JOBINDEX设置为1或2的作业，这就是为什么我需要减去1才能对数组进行正确索引的原因。

现在的问题出在$((...))部分，因为在节点上执行的是${samplearray[$$\($LSB_JOBINDEX-1$\)]}，它不会触发计算，但会引发错误：

$((2-1)): syntax error: operand expected (error token is "$((2-1))")

我在这里做错了什么？我尝试了其他转义和引用的方法，但这是我最接近正确解决方案的方法