glmmTMB多个层次结构的随机效果

时间:2018-09-05 17:42:34

标签: hierarchy lme4 mixed-models random-effects

假设使用多个层次结构,是否可以使用glmmTMB获得随机效果参数(即方差项)的向量?例如,我有兴趣获取每年每个层的方差(此MWE中长度#层x#年的方差向量= 25)。然后,在每年和每个阶层中,站点将从均值0和估计方差参数的正态分布中随机抽取。我提供的模型无法满足我的要求,但在逻辑上可能是相似的?

这个想法是:station_ {stratum,year}〜N(0,sigma ^ 2_ {stratum,year})

创建一些数据

require(glmmTMB)

strata <- letters[1:5]
stations <- 1:60
years <- 2010:2014
count <- rnbinom(300,mu=20,size=1.2)

dat <- data.frame("Year"=rep(years, each=60),
              "Strata"=rep(rep(strata,each=12),times=5),
              "Stations"=rep(stations,times=5),
              "Count"=count)

dat[, c("Year","Stations")] <- lapply(dat[, c("Year","Stations")], 
  as.factor)

拟合模型

fit_pois <- glmmTMB(Count ~ (1|Year/Stratum/Station),
          data=dat,
          family=poisson)    

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