R-总计和错误的总和值

Question

处理某些数据时遇到问题。

我有一个如下数据框：

Chrom Avg_Coverage

1000568 21.88194
1000568 1.25642
1000568 1.22052
1000568 1.04954
1000568 0.81894
1000568 0.12160
1000568 0.00000
1000568 0.00000
1000568 0.00000

我正在尝试获取所有相同值的Avg_Coverage，因此我使用以下代码执行此操作：

df[] <- lapply(df, function(x) type.convert(as.character(x)))
df_result=aggregate(. ~Chrom, df, sum)

（来自In aggregate: sum not meaningful for factors，因为我的数据是因素）

没有错误，但结果不正确，请参阅：

Chrom Avg_Coverage
1000568 10400

我做错了什么，该如何解决？

我比程序员更像生物学家。

Answer 1

首先，检查data.frame中的数据类型：

str(df)

Chrom是什么并不重要，但是您希望Avg_Coverage是数字（或双精度）。如果str报告Avg_Coverage是一个因素，则使用此代码将其转换为数字

df$Avg_Coverage <- as.numeric(as.character(df$Avg_Coverage))

然后获取总计：

aggregate(Avg_Coverage ~ Chrom, df, sum)