如何在plot3d R中为组样本制作椭圆形?

时间:2018-09-04 17:57:53

标签: r

这是我的示例R代码,该代码使用“ rgl”软件包制作3D PCA图。

library(rgl)
myDataframe <- data.frame(matrix(c(runif(12,1,2), 
runif(12,4,5)),ncol=6,nrow=4,byrow=T))
rownames(myDataframe)<-c("smp1","smp2","smp3","smp4")
colnames(myDataframe)<-c("gene1","gene2","gene3","gene4","gene5","gene6")
clusterLabel<-as.vector(c(1,1,2,2))
model <- prcomp(myDataframe, scale=TRUE)  
plot3d(model$x[,1:3], col=clusterLabel, type="s", size=3, axes=T, box=T)

[这是我要添加椭圆的PCA 3D图]

制作完PCA 3D图后,我想将“椭圆”添加到同一类(在此示例中为相同颜色)的组样本中。

请参见下面的示例PCA图表的屏幕截图,该图表使用“ FactoMineR”和“ factoextra” R软件包制作而成,带有椭圆。如果您访问此网站并看到中间部分,则可以找到带有Ellipses的PCA图。 http://www.sthda.com/english/articles/31-principal-component-methods-in-r-practical-guide/112-pca-principal-component-analysis-essentials/

[这是带有椭圆的PCA 2D图示例]

我只想使用“ rgl”软件包制作3D PCA图,并且想在图上添加Ellipses。这有没有可能?

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