Question

以下是fasta fileA的内容：

>1
PLAARRPRRGKSLAGFESLACSFPVVSRGFLASRSARSLSSEGGTMPDNRQ
PRNRQPRIRSGNEPRSAPAMEPDGRGAWAHSRAALDRLEKLLRCSRCTNIL
REPVCLGGCEHIFCSNCVSDCIGTGCPVCYTPAWIQDLKINRQLDSMIQL

>2
PLWRPAVPDAGRARPVWSRWSAASLWFLKASLLPALRGAFHPKAGRCRIIGS
RGTGSRGSAPGTSLVPRPPWNRMVAVPGPTVAPRSTAWRSCCAARVVLTF*E
SLCV*EDVSTSSVVIV*VTALELDVQCVTPRPGYKT*R*ID

>3
TPPLWRPAVPDAGRAWPVSSRWPAASRWFPEASLLPALRGAFHPKAGRCRII
GSRGTGSRGSAPGTSLVPRPPWNRMVAVPGPTVAPRSTAWRSCCAARVVLTF

现在我需要将fileA作为输入，找出1和2之间存在的错配，然后是1-3，并找出它们之间的核苷酸变化。到目前为止我编写了一个程序，但它没有将fileA作为输入。请帮助

我的问题是我需要将fileA作为输入，并且序列在每51个核苷酸之后包含新行字符，并且我的程序也会考虑新行字符以找出不匹配。

的程序： 的

$a=<>;$b=<>;
@mul=("$a","$b");

for($i=0;$i<scalar(@mul)-1;$i++) {
    $source=$mul[$i];
    print "\n\nComparision of source:  $mul[$i]\n";
    print "------------------------------------";
    for($j=$i+1;$j<scalar(@mul);$j++) {
        $sample=$mul[$j];
        print "\n$sample ";
        print "\n------\n";
        $t=mutate($source,$sample);
        print $t;
    }
}

sub mutate {
    my ($s1,$s2)=@_;
    $temp="";
    for($k=0;$k<length($s1);$k++) {
        $seq1=substr($s1,$k,1);
        $seq2=substr($s2,$k,1);
        if($seq1 ne $seq2) {
            $temp.="[$seq1($k)/$seq2($k)]";
        } 
    }
    return $temp;
}

Answer 1

您可能希望阅读段落，这些段落由一行中的两个换行符标记。因此：

use strict;
use warnings;
my(@a);

{
    # Limit the scope in which you reset the $/ variable
    local($/) = "\n\n";
    while (<>)
    {
         s/\n+//gm;  # Remove all newlines
         push @a, $_;
    }
}

# Now your array contains three items with no newlines - process away...

Answer 2

如果我正确理解了您的问题，那么您可以从命令行中读取文件，以便获得不同文件的结果。在这里我们读取每一行并获取源编号，然后在chomp之后，将每一行附加到相应的源。然后你可以将任何一行与任何源内容进行比较。

my $file = $ARGV[0];
open (FILE, $file);
my $file_content;
my $src_indx = 0;
while (my $line = <FILE>){
    chomp $line;
    $line =~ s/^\s+//;


    if ($line =~ /^\>(\d+)/){
        $file_content->{$1} = '';
        $src_indx = $1;

    }else{
        $file_content->{$src_indx} .= $line;
    }
}

print "\n\nComparision of source:  1 and 2\n";
print "------------------------------------\n";
$t = mutate($file_content->{1},$file_content->{2});
print $t;

sub mutate {
    my ($s1,$s2)=@_;
    $temp="";
    for($k=0;$k<length($s1);$k++) {
        $seq1=substr($s1,$k,1);
        $seq2=substr($s2,$k,1);
        if($seq1 ne $seq2) {
            $temp.="[$seq1($k)/$seq2($k)]";
        } 
    }
    return $temp;
}

我没有修改你的mutate函数。如果你使用正则表达式或split而不是substr，你也可以更好地控制mutate。

如果这不是你想要的，请告诉我。

如何将文件作为输入并忽略新行字符

2 个答案: