Question

我遇到了一个奇怪的问题，该问题可以追溯到python logging软件包。让我简短地解释一下我想做什么：目标是使用python创建html报告。我正在使用R rmarkdown软件包，该软件包使用本地virtualenv通过reticulate运行python代码。

问题：安装Python logging软件包后，rmarkdown会在加载matplotlib时出现问题。我编写了一个小的测试脚本来重现该示例。

我的系统：

Ubuntu 18.04仿生
Python 2.7.15rc1

测试“ 1”脚本（无logging）：

创建一个新的virtualenv（venv）。
使用venv/bin/pip安装matplotlib。
运行reticulate::import（最后通过rmarkdown::render运行）。

测试“ 2”脚本（使用logging）：

创建一个新的virtualenv（venv）。
除了第一个测试：通过logging安装venv/bin/pip。
使用venv/bin/pip安装matplotlib。
运行reticulate::import（最后通过rmarkdown::render运行）。

已安装的模块（virtualenv）：

backports.functools-lru-cache 1.5    
cycler                        0.10.0 
kiwisolver                    1.0.1  
logging                       0.4.9.6 <- only for "test 2"
matplotlib                    2.2.3  
numpy                         1.15.1 
pip                           18.0   
pkg-resources                 0.0.0  
pyparsing                     2.2.0  
python-dateutil               2.7.3  
pytz                          2018.5 
setuptools                    40.2.0 
six                           1.11.0 
subprocess32                  3.5.2  
wheel                         0.31.1

系统站点程序包确实具有相同的模块版本。

结果： test 1（没有logging）中的所有测试都可以正常工作。使用virtualenv时， test 2（带有loging）中的测试失败。调用rmarkdown::render（见下文）时，使用系统python安装程序（而非virtualenv）时，它们也能很好地工作。

在虚拟环境中安装了reticulate时，logging似乎有些奇怪。

测试脚本的输出（见下文）：

包含错误的完整输出：

 ----------- no logging package installed ------------
Module(matplotlib)
Module(matplotlib)
 --------- with logging package installed ------------
Error in py_module_import(module, convert = convert) : 
  AttributeError: 'module' object has no attribute 'NullHandler'

Detailed traceback: 
  File "/home/retos/Downloads/venvtest/venv/lib/python2.7/site-packages/matplotlib/__init__.py", line 168, in <module>
    _log.addHandler(logging.NullHandler())
Calls: <Anonymous> -> py_module_import -> .Call
Execution halted
Module(matplotlib)

Module(matplotlib)输出是通过reticulate::import加载模块的成功消息。可以看到，在将virtualenv与已安装的logging python模块一起使用的情况下，只有一项测试失败。

任何人都有什么想法可以解决这些问题？我花了很多时间来确定错误的根源，但现在我有点迷失了……

测试脚本以重现错误：

这是一个小的bash / shell脚本，用于重现我的测试。

#!/bin/bash
# New virtual environment and install matplotlib
echo " ----------- no logging package installed ------------"
if [ -d venv ] ; then rm -rf venv ; fi
virtualenv venv &>/dev/null > /dev/null
venv/bin/pip install matplotlib > /dev/null

# Print installed packages
Rscript -e "reticulate::use_python('venv/bin/python'); reticulate::import('matplotlib')"
Rscript -e "reticulate::import('matplotlib')"

# New virtual environment and install logging and matplotlib
echo " --------- with logging package installed ------------"
if [ -d venv ] ; then rm -rf venv ; fi
virtualenv venv > /dev/null
venv/bin/pip install logging > /dev/null
venv/bin/pip install matplotlib > /dev/null

# Print installed packages
Rscript -e "reticulate::use_python('venv/bin/python'); reticulate::import('matplotlib')"
Rscript -e "reticulate::import('matplotlib')"

我首先认为这与问题“ ImportError: cannot import name cbook”有关，但是那里的解决方案不起作用。

请提前谢谢！ R

Answer 1

记录became版本2.3的Python库中包含的标准模块。您不得从PyPI安装它。尽快将其删除：

pip uninstall logging

R-markdown：python-logging软件包似乎引起了问题

1 个答案: