必需的软件包

Question

我正在尝试读取“ .xrdml”类型的多个文件，并将它们组合为带有直观标签的单个数据框。问题在于此文件类型具有较大的元数据。

我尝试了以下

必需的软件包

library(rxylib)

我尝试过的事情

temp = list.files(pattern="*.xrdml")
xyz<-do.call(rbind,sapply(temp, read_xyData,verbose = TRUE,metaData = FALSE))

我最终得到一个列表，我可以使用例如 xyz[[2]]

来调用列表中的每个成员

          2Theta    V2
   [1,]  4.006565  3496
   [2,]  4.019695  3417
   [3,]  4.032826  3520
   [4,]  4.045956  3516
   [5,]  4.059086  3480
   [6,]  4.072217  3343
   [7,]  4.085347  3466
   [8,]  4.098477  3552
   [9,]  4.111607  3425
  [10,]  4.124738  3384

如果我尝试使用unlist函数将列表变平，那么结果将变得混乱

我想做的是读取所有文件并按列组合它们，每个文件具有共同的第一列，即2Theta。我还要使用每个文件标题的唯一部分来标记V2

我的文件标题为“ BBHD-FASS_4-70_step01_40s_ LM 11_5 .xrdml”。我希望最后能够做的是拥有与下面的示例类似的数据框

2Theta   LM 6-26  LM 6-27  LM 6-28 LM 4-10 LM 4-11 LM 4-12
4.006565    3576    3535    3677    3576    3535    3677
4.019695    3526    3552    3662    3526    3552    3662
4.032826    3584    3581    3657    3584    3581    3657
4.045956    3489    3535    3539    3489    3535    3539
4.059086    3496    3507    3525    3496    3507    3525
4.072217    3335    3466    3628    3335    3466    3628
4.085347    3353    3456    3444    3353    3456    3444
4.098477    3430    3479    3588    3430    3479    3588
4.111607    3334    3547    3535    3334    3547    3535
4.124738    3424    3342    3439    3424    3342    3439
4.137868    3349    3384    3459    3349    3384    3459
4.150998    3318    3395    3413    3318    3395    3413
4.164129    3208    3490    3457    3208    3490    3457
4.177259    3357    3295    3519    3357    3295    3519
4.190389    3254    3372    3450    3254    3372    3450

以下是我的文件sample files

的示例

可悲的是，我已经花了很多时间来尝试一些不起作用的事情。

我将非常感谢我对如何解决此问题的任何帮助或指导。

Answer 1

要获取数据，您需要在read_xyData返回的数据列表中找到正确的位置。您可以通过查看下面的str(lst)来完成此操作。要获取数据，请使用...$dataset[[1]]$data_block。（程序包中可能有提取器功能，但我尚未检查）

# download data : link dead
#download.file("https://ucc93bf0aa50821e11b95c9530f5.dl.dropboxusercontent.com/zip_by_token_key?_download_id=9101556320431172280658295109635067362614982268430911643523348&_notify_domain=www.dropbox.com&dl=1&key=AV5mxk0trnetzASlH9_xJijTiGE55mUz0qa-x7JveZ7-Rdp3Z8i7GmwwQoWj8tUO14RKj51huhb5CuBdoxAC3WLuHvOMr7_bul691AmGpmwZgWWy0STezjFRnq0CVUR-iHNnZUHk9-t-i72nYODDpjXvo0PBhWTXwJuNWCSL4bnAauZREQtZwzNlspMF8PwZ37E9enf1WUUakLJwE43GbV2lAkuOTDghfcMmwokulIMEGA", destfile=temp<-tempfile())
unzip(temp, exdir=xdir<-tempdir())  

nms <- list.files(xdir, pattern="xrdml", full.names=TRUE)
# grab the names to names columns later
cnms <- gsub(".*(LM \\w+).*$", "\\1", basename(nms))


library(rxylib)

# loop through files to read in
lst <- lapply(nms, read_xyData, verbose = TRUE, metaData = FALSE)

# grab the data
dats <- lapply(lst, function(x) x$dataset[[1]]$data_block)

# rename second column
dats <- lapply(seq_along(dats), function(x) {
                          colnames(dats[[x]])[2] <- cnms[x] ; dats[[x]]})

# merge
alldat <- Reduce(function(...) merge(..., by="2Theta"), dats)

读取复杂数组中的.xrdml数据

必需的软件包

我尝试过的事情

1 个答案: