处理主要损失(辅助损失存在)的缺失数据

时间:2018-08-30 22:50:34

标签: python keras missing-data

我想为具有主要目标和辅助目标的数据集构建Keras模型。我有数据集中所有条目的辅助目标的数据,但对于主要目标,我仅具有所有数据点的子集的数据。考虑下面的示例,该示例应该可以预测

max(min(x1, x2), x3)

但是对于某些值,仅给定我的辅助目标min(x1, x2)

from keras.models import Model
from keras.optimizers import Adadelta
from keras.losses import mean_squared_error
from keras.layers import Input, Dense

import tensorflow as tf
import numpy

input = Input(shape=(3,))

hidden = Dense(2)(input)
min_pred = Dense(1)(hidden)
max_min_pred = Dense(1)(hidden)

model = Model(inputs=[input],
              outputs=[min_pred, max_min_pred])

model.compile(
    optimizer=Adadelta(),
    loss=mean_squared_error,
    loss_weights=[0.2, 1.0])

def random_values(n, missing=False):
    for i in range(n):
        x = numpy.random.random(size=(4, 3))
        _min = numpy.minimum(x[..., 0], x[..., 1])
        if missing:
            _max_min = numpy.full((len(x), 1), numpy.nan)
        else:
            _max_min = numpy.maximum(_min, x[..., 2]).reshape((-1, 1))
        yield x, [numpy.array(_min).reshape((-1, 1)), numpy.array(_max_min)]

model.fit_generator(random_values(50, False),
                    steps_per_epoch=50)
model.fit_generator(random_values(5, True),
                    steps_per_epoch=5)
model.fit_generator(random_values(50, False),
                    steps_per_epoch=50)

显然,上面的代码不起作用–目标NaN意味着NaN的损失,这意味着NaN的权重适应,因此权重归因于NaN,模型变得无用。 (此外,实例化整个NaN数组是浪费的,但是原则上我丢失的数据可以是存在数据的任何批次的一部分,因此,为了拥有同质的数组,这似乎是合理的。)

我的代码不必与所有keras后端一起使用,仅tensorflow的代码就可以了。我尝试过更改损失函数,

def loss_0_where_nan(loss_function):
    def filtered_loss_function(y_true, y_pred):
        with_nans = loss_function(y_true, y_pred)
        nans = tf.is_nan(with_nans)
        return tf.where(nans, tf.zeros_like(with_nans), with_nans)
    return filtered_loss_function

并使用loss_0_where_nan(mean_squared_error)作为新的损失函数,但使用it still introduces NaNs

在有辅助目标数据的情况下,如何处理主要预测输出的缺失目标数据? masking有帮助吗?

1 个答案:

答案 0 :(得分:0)

在您的问题中,您提出了以下情况:数据集中的可预测块中缺少数据。如果您可以将丢失的数据与现有的数据分开,则可以使用

truncated_model = Model(inputs=[input],
                        outputs=[min_pred])

truncated_model.compile(
    optimizer=Adadelta(),
    loss=[mean_squared_error])

定义一个与完整模型共享某些图层的模型,然后替换

model.fit_generator(random_values(5, True),
                    steps_per_epoch=5)

使用

def partial_data(entry):
   x, (y0, y1) = entry
   return x, y0

truncated_model.fit_generator(map(partial_data, random_values(5, True)),
                              steps_per_epoch=5)

在不丢失的数据上训练截断的模型。

鉴于对输入数据提供者的这种控制水平,您显然可以调整random_values方法,使其甚至不生成partial_data立即丢掉的数据,但是我认为这会是提出必要更改的更清晰方法。