R：动态调整输出pdf大小以在函数内部绘制区域

Question

我具有以下MWE中的功能，可以生成PCA双图，长宽比为1：1，以不影响其解释；这意味着有时候我会根据数据获得更窄或更宽的图。

我希望能够以某种方式检测出绘图区域并生成适当宽度和高度的pdf文件，以很好地适应绘图，因为否则我将在输出文件中以多余的多余空间结尾。

检查以下MWE：

pcaplot <- function(pobj, df, groupvar, filename){
    library(ggbiplot)
    P <- ggbiplot(pobj,
         obs.scale = 1, 
         var.scale=1,
         ellipse=T,
         circle=F,
         varname.size=3,
         var.axes=T,
         groups=df[,groupvar],
         alpha=0)
    P$layers <- c(geom_point(aes(color=df[,groupvar]), cex=5), P$layers)
    pdf(file=paste(filename,".pdf",sep=""), height=14, width=14) #USE PROPER WIDTH AND HEIGHT DEPENDING ON PLOT AREA
    print(
        P
    )
    dev.off()
}

data(iris)
pca.obj <- prcomp(iris[,1:4], center=TRUE, scale.=TRUE)
pcaplot(pca.obj, iris, "Species", "test")

谢谢！

Answer 1

我为您提供了更好的扩展解决方案。

作为基础，您应该使用数据对象-不是简单的data.frame，而是更多内容。 例如，您的pca.obj还包含x pca.obj$x->有要绘制的点的列表

pca.obj$x[,1]将用于PC1
pca.obj$x[,3]将用于PC3

现在您可以使用它们来计算点的范围

> pca.obj$x[,1] %>% range() %>% diff()
[1] 6.064723

> pca.obj$x[,3] %>% range() %>% diff()
[1] 1.856603

您可以将这些值用作缩放比例的基础。 （在我的情况下，我也将* 3设置为pdf大小，以便以相同的比率获得更好的字体等分辨率） 在我的示例中，我将从您的数据中给您Iris PC1 vs PC3

library(magrittr) # for pipe
pcaplot <- function(pobj, df, pca_choices, groupvar, filename){

width_scale <-  pobj$x[,pca_choices[1]] %>% range() %>% diff() %>% ceiling() * 3
height_scale <- pobj$x[,pca_choices[2]] %>% range() %>% diff() %>% ceiling() * 3

library(ggbiplot)
P <- ggbiplot(pobj,
              choices = pca_choices,
              obs.scale = 1, 
              var.scale=1,
              ellipse=T,
              circle=F,
              varname.size=3,
              var.axes=T,
              groups=df[,groupvar],
              alpha=0)
    P$layers <- c(geom_point(aes(color=df[,groupvar]), cex=5), P$layers)
    pdf(file=paste(filename,".pdf",sep=""), height=height_scale, width=width_scale) #USE PROPER WIDTH AND HEIGHT DEPENDING ON PLOT AREA
    print(P)
    dev.off()
}

data(iris)
pca.obj <- prcomp(iris[,1:4], center=TRUE, scale.=TRUE)
pca_choices <- c(1, 3)
pcaplot(pca.obj, iris, pca_choices, "Species", "test")

黑色边框只是为了显示周围的真实空间。
基本版本：

新：