Question

我在编译不同包中的cdef-ed类型时遇到问题，我在cython文档中找不到解释。

我在python src树的根目录中有这个setup.py：

from distutils.core import setup
from distutils.extension import Extension
from Cython.Distutils import build_ext

setup(
   cmdclass = {'build_ext': build_ext},
   ext_modules = [ 
      Extension("flink.pytk.defs.FragIdx", 
         sources = ["flink/pytk/defs/FragIdx.pyx"]),
      Extension("flink.pytk.fragments.STK_idx", 
         sources = ["flink/pytk/fragments/STK_idx.pyx"])
      ]   
)

FragIdx是一个cdef-ed类型，在flink / pytk / defs / FragIdx.pyx中定义：

cdef class FragIdx:
   cdef public FragIdx parent
   cdef public FragIdx root
   cdef public tuple label
   ...

STK_idx是FragIdx的扩展，在flink / pytk / fragments / STK_idx.pyx中定义：

from flink.pytk.defs.FragIdx import FragIdx
cdef class STK_idx(FragIdx):
   ...

当我尝试使用帖子开头列出的setup.py进行编译时，FragIdx编译得很好，但是当涉及到STK_idx时，我收到以下错误消息：

flink/pytk/fragments/STK_idx.pyx:5:5: 'FragIdx' is not a type name

请注意，源树的根目录列在$ PYTHONPATH。

中

如果有人能对此有所了解，我将非常感激，非常感谢！

丹尼尔

Answer 1

哦，好吧，对于那些有类似问题的人，看起来好像我找到了答案。

我希望python能够自动扫描编译到共享库FragIdx.so中的符号，而看起来这个信息必须显式地提供为.pxd文件（在运行Cython之后它成为C头文件）。 / p>

该过程基本上涉及两个步骤：

为超类创建定义（.pxd）文件;
通过子类模块中的cimport（而不是import）导入超类定义。

所以，为了使它更通用。

假设您已在模块A中定义了cdef-ed类型pkg1.mod1。然后，您在B子类pkg2.mod2中设置类型A。

您的目录结构如下所示：

pkg1/
  mod1.pyx
  mod1.pxd
pkg2/
  mod2.pyx
  mod2.pxd

在pkg1/mod1.pxd中你会有，比如说：

cdef class A:
  cdef int a
  cdef int b

在pkg1/mod1.pyx中你会提供你班级的方法。在pkg2/mod2.pxd中，您将拥有：

from pkg1.mod1 cimport A  #note "cimport"!!
cdef class B(A):
  cdef ... # your attributes here

同样，在pkg2/mod2.pyx中，您必须再次cimport A符号：

from pkg1.mod1 cimport A #note "cimport"!!
cdef class B(A):
  ... # your methods here

有趣的是，如果您只想在python代码中使用A，而不是使用它来定义子类型，则不需要定义文件mod1.pxd。这与以下事实有关：在创建扩展类型时，您需要为C编译器提供定义，而在运行python代码时没有这个问题，但由于它不是非常直观，因此重要的是指出它进行。

这些信息实际上可以在Cython docs中找到，但也许可能更明确一些。

希望这些信息可以为某些人节省一些。

在不同的包中编译具有依赖项的pyx文件

1 个答案: