我已经开发了两个bash脚本作为更大管道的一部分，以将某些文件处理为其他输出。
我制作bash脚本的方式允许您在标准输入过程中输入所需的变量，然后运行脚本以生成所需的输出。
以下是脚本的示例：
#! usr/bin/sh
read -p 'Insert PATH to FASTA file: ' FASTA
read -p 'Insert PATH to output: ' OUT
read -p 'Insert PATH to Bowtie Index Genome Reference: ' REF
read -p 'Insert PREFIX output name: ' X
#Alignig miRNA sequences with Reference Genome Bowtie Index
bowtie -f -p 16 -n 1 -l 10 -m 100 -k 1 --best --strata $REF $FASTA -S $OUT$X.sam 2>$OUT$X.log
.
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.
当我想执行此脚本时，只需在外壳中运行它，并将所需的路径写入所需的文件和字符串，以便它可以创建所需的输出。到这里为止，它是可行的。
但是
有没有办法将此脚本转换为类型为二进制的可执行文件：
$Program -FASTA <path to fasta> -OUT <path to output> -REF <path to reference genome> -X <prefix>
这样我可以更流畅地运行脚本，因为现在的方式不允许使用\ t自动完成路径，并且我想制作某种可执行文件将其存储在Github上以供免费使用。 / p>
我已经阅读过shc程序，但是我认为这实际上不是我所需要的。
有帮助吗？
谢谢