我正在Rstudio中进行一些生物信息学分析，但是使用system（）时会发生一些奇怪的事情。我还使用Linux的Windows子系统，因此可以在Windows cmd 中运行UNIX可执行文件，如下所示：
bash -c "./parasail-master/build/parasail_aligner -a sw_trace_striped_sat -f SSWtemplate.fa -q SSWtest.fa -O EMBOSS -d >OUT.txt"
不用担心细节：重要的是，我使用 bash -c 表示我要使用UNIX bash，并且我正在运行可执行文件parasail_aligner。一切顺利，我得到了漂亮的输出文件“ OUT.txt”。
现在，由于我正在Rstudio中进行分析，因此我想直接从R脚本执行此操作，就像这样：
system('bash -c "./parasail-master/build/parasail_aligner -a sw_trace_striped_sat -f SSWtemplate.fa -q SSWtest.fa -O EMBOSS -d >OUTER.txt"')
因此：只需将其作为 system（）的参数？但这会产生以下错误：
input file, query file, and stdin detected; max inputs is 2
这显然是由parasail_aligner专门生成的错误。有趣的是：我根本没有直接从cmd收到此错误，但是在使用system（）在R中运行命令时确实得到了此错误。有谁知道为什么会发生这样的事情？我希望system（）仅将其参数提供给cmd，但显然它不会这样做...在Rstudio中打开的命令终端中运行命令也可以正常工作，特别是system（）似乎混乱了
如果这个问题含糊不清，我感到非常抱歉，但是我不能给您一个简单的示例，您可以使用该示例来复制错误。我已经使用system（）一段时间了，而且从未遇到过此类问题。我在Windows上，我在网上发现有人说您应该使用shell（）而不是system（），但是这样做只会给我同样的错误。
也许我不知道该错误所涉及的“ stdin ”问题以及R / RStudio如何处理此问题。但是parasail似乎认为我给它一个额外的输入“ stdin”：是的，我确实提供了一个输入文件和一个查询文件（请参阅错误消息），但是我不知道这个“ stdin”是什么。
如果任何人对system（）的这种奇怪行为背后可能有什么想法，我都很听。我知道帮助我很困难，因为我无法举一个简单的例子来说明问题的发生，但是我希望有人总能知道是什么问题
更新（answer？）：因此，我设法解决了该问题，就像这样：
system('bash -c "./parasail-master/build/parasail_aligner -a sw_trace_striped_sat < SSWtemplate.fa -f SSWtest.fa -O EMBOSS -d >OUTER.txt"')
我做了一些关于stdin的搜索，（请原谅我，如果我说的听起来很业余，我对UNIX或命令行不是很熟悉）发现它的“符号”是 << / strong>。因此，您可以在上面的代码中看到，我更改了输入“ SSWtemplate”和“ SSWtest”的输入方式，使用“ <”输入其中之一，从而解决了问题。
我不知道为什么会这样。特别是因为它仅在从RStudio内部调用命令时发生，而从cmd调用时则不会发生。如果任何人都可以进一步阐明这一点（即为什么system（）和shell（）之类的功能以及为什么似乎与stdin混淆），那将是一个很大的帮助。否则，我只会回答我自己的问题，然后就此解决。