简而言之：
我是计算科学家，并且在计算机集群上运行具有昂贵的（CPU时间）仿真。
我程序中最消耗CPU的部分是二进制树结构，用于加速我的代码。该树随着仿真的进行而增长，树越大，性能提升越好。我事先知道我的二叉树在我的RAM已满之前能有多大。
详细信息：
服务器在Red Hat 6.7上使用。
每个节点包含：
我的代码主要部分用Fortran编写，而其余部分用C / C ++编写-一些使用的库没有Fortran接口。该代码是用于湍流反应流的CFD求解器。我将Cantera用作热力学，运输和化学源项，Boost library用作刚性积分器，然后将一些Blas / Lapack用于矩阵运算。
问题：
我应该最大化内存（例如可用内存的99％）还是会影响CPU性能？如果是这样，最佳的内存使用百分比是什么？
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我猜您的集群正在运行Linux，因为大多数HPC集群都在运行。
您的程序（实际上是process）正在其virtual address space中运行，而不是直接在RAM中运行。 RAM是由OS内核管理的资源。阅读Operating Systems: Three Easy Pieces了解更多信息。
您需要避免使用thrashing。
根据经验（仅），因此细节肯定是错误的：
您可能需要询问系统管理员（例如，因为它们可能是在同一节点上运行的其他进程，或者因为他可以为您分配更多的资源）。
如果每个计算节点都有一些“合理的” RAM（例如，2018年为128GB或更小），则您不希望全部使用它，并且如果您的程序是唯一的一个，则可能要消耗少于95％的RAM。在该节点上运行。也许应该将数GB的RAM留给其他事物（以及系统）。
如果您的计算节点具有大量RAM（例如1TB的RAM计算机），则可能会使用几乎所有内存（例如99％），因为为“剩余”保留10GB可能绰绰有余。
如果您使用C或C ++编写代码，可能会对mmap(2)（malloc或new使用的系统调用），madvise(2)，{{3 }}。
在某些情况下（与过程中的posix_fadvise(2)相关），您可能具有虚拟地址空间（使用locality of reference和proc(5)和pmap(1)进行查询）比使用的RAM稍高（例如5％或10％以上）。请注意ps(1)和RSS。另请参见page cache。
您当然需要进行基准测试和配置。
在进行其他编辑后，我建议对50Gbyte运行和60Gbyte运行进行基准测试，然后看看速度会更快。如果是60GB，请尝试61，然后62G，甚至63G。