Question

我做了如下的关联数组。为了提供一些细节，这些键引用了特定的文件，因为我将在更大的脚本的上下文中使用此数组（其中包含文件的目录将是一个getopts参数）。

declare -A BAMREADS
echo "BAMREADS array is initialized"

BAMREADS[../data/file1.bam]=33285268
BAMREADS[../data/file2.bam]=28777698
BAMREADS[../data/file3.bam]=22388955

echo ${BAMREADS[@]}  # Output: 22388955 33285268 28777698
echo ${!BAMREADS[@]} # Output: ../data/file1.bam ../data/file2.bam ../data/file3.bam

到目前为止，该数组的行为似乎与我预期的一样。现在，我想基于此数组构建另一个关联数组。具体来说：我的第二个数组将具有与我的第一个相同的键，但是我想将值除以一个名为$ MIN的变量。

我不确定以下哪种策略是最好的，而且我似乎都做不到。

策略1 ：要复制数组并修改数组吗？

MIN=33285268

declare -A BRAMFRACS
echo "BAMFRACS array is initialized"
BAMFRACS=("${BAMREADS[@]}")

echo ${BAMFRACS[@]}  # Output: 22388955 33285268 28777698
echo ${!BAMFRACS[@]} # Output: 0 1 2

这不是我想要的键。即使可行，我仍然需要对所有值执行我提到的操作。

策略2 ：循环遍历第一个数组时，构建第二个数组。

MIN=33285268

declare -A BRAMFRACS
echo "BAMFRACS array is initialized"

for i in $(ls $BAMFILES/*bam)
do
    echo $i
    echo ${BAMREADS[$i]}
    BAMFRACS[$i] = ${BAMREADS[$i]} 
done

echo ${BAMFRACS[@]}
echo ${!BAMFRACS[@]}


# When I run this, I get the following error which I am unsure how to solve:

../data/file1.bam
33285268
script.bash: line 108: BAMFRACS[../data/file1.bam]: No such file or directory
../data/file2.bam
28777698
script.bash: line 108: BAMFRACS[../data/file2.bam]: No such file or directory
../data/file3.bam
22388955

更新更新了strategy2，其输出更加清晰。谢谢

Answer 1

两者都

declare -A BRAMFRACS

应该是

declare -A BAMFRACS

也就是说，名称中有一个附加的'R'，错误原因之一是BAMFRACS是一个索引数组（默认值），而不是关联数组。

和策略2：

BAMFRACS[$i] = ${BAMREADS[$i]}

应该是

BAMFRACS[$i]=${BAMREADS[$i]

，即=周围不允许有空格。 BAMFRACS[$i]被视为命令，因为命令由空格分隔。

顺便说一句

for i in $(ls $BAMFILES/*bam)

可以写为：

for i in "$BAMFILES"/*bam

尝试：

MIN=33285268

declare -A BAMFRACS

for key in "${!BAMREADS[@]}"
do
    val=${BAMREADS[$key]}
    BAMFRACS[$key]=$((val/MIN))
done

echo ${BAMFRACS[@]}  
echo ${!BAMFRACS[@]}

礼物：

1 0 0
../data/file1.bam ../data/file2.bam ../data/file3.bam

根据另一个关联数组制作关联数组

1 个答案: