Question

我正在尝试对每一行进行方差分析，然后提取p值进行绘图。作为参考，我正在尝试修改本文的代码：R, extracting p-value for each row from t.test

这是我的摘录：

> anova.007.mRNA<-x007 %>%
+ rowwise() %>%
+ mutate(pval = anova(c(C1,C2,C3,C4,C5,C6),
+ c(H1,H2,H3,H4,H5,H6))$p.value) %>%
+ ungroup()

...但是我收到错误消息？

Error in mutate_impl(.data, dots) : 
  Evaluation error: no applicable method for 'anova' applied to an object of class "c('double', 'numeric')".

这很奇怪，因为我认为方差测试会以类似方式应用？也许我需要先创建一个线性模型lm（）？

Answer 1

# example data
df = read.table(text = "
C1       C2      C3     C4       C5     C6     H1    H2 H3  H4  H5  H6
8.57345 8.45938 8.68941 8.35913 8.48177 8.44560 8.40986 8.59392 8.46562 8.07999 8.22759 8.41817
8.32595 8.19273 8.10708 8.48156 7.99014 8.24859 8.78216 8.59592 8.48299 8.52647 8.34797 8.38534
", header=T)

library(tidyverse)

df %>%
  rowwise() %>%
  mutate(pval = anova(lm(c(C1,C2,C3,C4,C5,C6,
                           H1,H2,H3,H4,H5,H6) ~ c(rep("C",6),rep("H",6))))$`Pr(>F)`[1]) %>%
  ungroup()

# # A tibble: 2 x 13
#      C1    C2    C3    C4    C5    C6    H1    H2    H3    H4    H5    H6   pval
#   <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl>  <dbl>
# 1  8.57  8.46  8.69  8.36  8.48  8.45  8.41  8.59  8.47  8.08  8.23  8.42 0.155 
# 2  8.33  8.19  8.11  8.48  7.99  8.25  8.78  8.60  8.48  8.53  8.35  8.39 0.0109

anova需要一个模型（lm）对象而不是两个向量作为输入。您需要通过将所有C和H值组合在一起并创建（作为手动变量）这两个组作为自变量来创建模型。

此外，此处提取p值的方法并不像t.test中那样简单。

R：方差分析和lm（）中每一行的p值

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