Question

我下载了netcdf文件并尝试在R中打开它。这是我的代码

download.file("https://data.giss.nasa.gov/impacts/agmipcf/agmerra/AgMERRA_1980_prate.nc4",destfile = "AgMERRA_1980_prate.nc4", method="libcurl")

我想使用R打开netcdf文件

library(ncdf4)
my.file <- nc_open("AgMERRA_1980_prate.nc4")

但是，每次我这样做，R都会崩溃。

我的代码有问题吗？还是R Studio有问题？

sessionInfo（） R版本3.5.0（2018-04-23）平台：x86_64-w64-mingw32 / x64（64位）在以下环境中运行：Windows 7 x64（内部版本7601）Service Pack 1

Matrix产品：默认

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如果我手动下载文件，则可以打开它。因此，我下载它的方式一定有问题。有什么建议吗？

Answer 1

我不确定这里发生了什么，可能是Windows特定的。我尝试不带参数method="libcurl"进行下载，但似乎可以正常工作。

download.file("https://data.giss.nasa.gov/impacts/agmipcf/agmerra/AgMERRA_1980_prate.nc4",
destfile = "AgMERRA_1980_prate.nc4")



library(ncdf4)
my.file <- nc_open("AgMERRA_1980_prate.nc4")


File AgMERRA_1980_prate.nc4 (NC_FORMAT_NETCDF4):

     1 variables (excluding dimension variables):
        short prate[longitude,latitude,time]   (Chunking: [1440,720,1])  (Compression: level 9)
            _FillValue: 32767
            description: Precipitation Rate
            units: mm/day
            add_offset: 0
            scale_factor: 0.100000001490116
            vMin_original_data: 0
            vMax_original_data: 457.399993896484
            vRange: 457.399993896484

     3 dimensions:
        time  Size:366   *** is unlimited ***
            units: days since 1980 01-01-01 12:00:00
        latitude  Size:720
            units: degrees_north
        longitude  Size:1440
            units: degrees_east

    4 global attributes:
        history: Tue Aug 12 16:42:13 EDT 2014
        source: AgMIP / Alex Ruane
        title: AgMERRA v1.1 Precipitation Rate
        center: NASA GISS

我的会话信息-

R version 3.5.0 (2018-04-23)
Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)
Running under: macOS High Sierra 10.13.6

Answer 2

我怀疑这个问题与Downloading NetCDF files with R: Manually works, download.file produces error重复。 @Luis建议使用mode = "wb"而不是默认值mode = "w"来避免R {4.0.2，RStudio 1.3.959和ncdf 1.17对我来说nc_open()崩溃。 wb告诉download.file()将文件视为二进制文件，与netCDF格式一致。

对于这里感兴趣的数据，应该是

download.file("https://data.giss.nasa.gov/impacts/agmipcf/agmerra/AgMERRA_1980_prate.nc4", destfile = "AgMERRA_1980_prate.nc4", method = "libcurl", mode = "wb")

打开netcdf文件时R崩溃

2 个答案: