Question

我正在寻求帮助。我正在尝试从PubMed获取作者的出版物，并使用Apps Script将数据填充到Google表格中。我已经到了下面的代码，现在卡住了。

基本上，我要做的是首先从特定作者那里提取所有Pubmed ID，该ID的名称来自工作表的名称。然后，我尝试创建一个循环以遍历每个Pubmed ID JSON摘要并提取我想要的每个字段。我已经能够确定发布日期。我已经建立了这样一个想法：我将为所需的PMID的每个字段执行一个循环，将其存储在数组中，然后将其返回到我的工作表中。但是，我现在一直试图获取第二个字段title和所有后续字段（例如作者，最后一位作者，第一位作者等）

任何帮助将不胜感激。

function IMPORTPMID(){
  var ss = SpreadsheetApp.getActiveSpreadsheet();
  var sheet = ss.getSheets()[0];                   
  var author = sheet.getSheetName();

  var url = ("https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&term=" + author + "[author]&retmode=json&retmax=1000");
  var response = UrlFetchApp.fetch(url);
  var AllAuthorPMID = JSON.parse(response.getContentText());

  var xpath = "esearchresult/idlist";
  var patharray = xpath.split("/");
  for (var i = 0; i < patharray.length; i++) {
     AllAuthorPMID = AllAuthorPMID[patharray[i]];
  }

  var PMID = AllAuthorPMID;
  var PDparsearray = [PMID.length];
  var titleparsearray = [PMID.length];
  for (var x = 0; x < PMID.length; x++) {
    var urlsum = ("https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esummary.fcgi?db=pubmed&retmode=json&rettype=abstract&id=" + PMID[x]);
    var ressum = UrlFetchApp.fetch(urlsum);
    var contentsum = ressum.getContentText();
    var jsonsum = JSON.parse(contentsum);

    var PDpath = "result/" + PMID[x] + "/pubdate";
    var titlepath = "result/" + PMID[x] + "/title";
    var PDpatharray = PDpath.split("/");
    var titlepatharray = titlepath.split("/");

    for (var j = 0; j < PDpatharray.length; j++) {
      var jsonsum = jsonsum[PDpatharray[j]];
    }  

    PDparsearray[x] = jsonsum;
  }

  var tempArr = [];
  for (var obj in AllAuthorPMID) {
    tempArr.push([obj, AllAuthorPMID[obj], PDparsearray[obj]]);
  }

  return tempArr;
}

Answer 1

从给定PubMed ID的PubMed JSON响应中，您应该能够确定要包括在摘要报告中的字段名称（以及它们的路径）。如果它们都处于同一级别，则读取它们全部都比较容易实现，但是如果其中一些是子字段的属性，则只要在设置中提供正确的路径，仍然可以访问它们。

考虑“源JSON”：

[
  { "pubMedId": "1234",
    "name": "Jay Sahn",
    "publications": [
      { "pubId": "abcd",
        "issn": "A1B2C3",
        "title": "Dynamic JSON Parsing: A Journey into Madness",
        "authors": [
          { "pubMedId": "1234" },
          { "pubMedId": "2345" }
        ]
      },
      { "pubId": "efgh",
        ...
      },
      ...
    ],
    ...
  },
  ...
]

pubId和issn字段处于同一级别，而publications和authors则不在同一级别。

您可以通过以下两种方式在同一循环中同时检索pubMedId和publications字段（以及您需要的其他字段）：1）对字段访问进行硬编码，或者2）编写用于解析字段的代码路径和供应场路径。

选项1可能会更快，但如果您突然想获得一个新字段，则灵活性会大大降低，因为您必须记住如何编写代码来访问该字段以及在何处插入代码，等等。如果API发生更改，请保存您的信息。

选项2更难解决，但是一旦正确，它将（应该）适用于您（正确）指定的任何字段。获取新字段就像在相关的config变量中写入它的路径一样容易。可能有一些图书馆可以为您做到这一点。

要将以上内容转换为电子表格行（外部数组中的每个pubMedId，例如，您查询其API的ID），请考虑以下example code：

function foo() {
  const sheet = /* get a sheet reference somehow */;
  const resp = UrlFetchApp.fetch(...).getContentText();
  const data = JSON.parse(resp);
  // paths relative to the outermost field, which for the imaginary source is an array of "author" objects
  const fields = ['pubMedId', 'name', 'publications/pubId', 'publications/title', 'publications/authors/pubMedId'];

  const output = data.map(function (author) {
    var row = fields.map(function (f) {
      var desiredField = f.split('/').reduce(delve_, author);
      return JSON.stringify(desiredField);
    });
    return row;
  });
  sheet.getRange(1, 1, output.length, output[0].length).setValues(output);
}

function delve_(parentObj, property, i, fullPath) {
  // Dive into the given object to get the path. If the parent is an array, access its elements.
  if (parentObj === undefined)
    return;

  // Simple case: parentObj is an Object, and property exists.
  const child = parentObj[property];
  if (child)
    return child;

  // Not a direct property / index, so perhaps a property on an object in an Array.
  if (parentObj.constructor === Array)
    return collate_(parentObj, fullPath.splice(i));

  console.warn({message: "Unhandled case / missing property", 
                args: {parent: parentObj, prop: property, index: i, pathArray: fullPath}});
  return; // property didn't exist, user error.
}
function collate_(arr, fields) {
  // Obtain the given property from all elements of the array.
  const results = arr.map(function (element) {
    return fields.slice().reduce(delve_, element);
  });
  return results;
}

执行此操作将在Stackdriver中产生以下输出：

很明显，您可能想要一些不同的字段（又称真实字段），并且可能对如何报告它们还有其他想法，因此我将这一部分留给读者。

欢迎对此进行了改进的任何人提交PR。

推荐读物：

Array#reduce
Array#map
Array#splice
Array#slice
有关解析嵌套JSON的Internet参考。有很多。

将PubMed数据提取到Google表格中

1 个答案: