打印嵌套汽车S4对象

Question

我是R的新手，他试图弄清楚如何打印/保存嵌套在列表中的S4类对象。

这是列表的结构。该列表包含许多mm9 fasta序列子集，如图中的一个。它们包含不同数量的行，列出了许多fasta文件中输入序列之间的匹配项：

如果我尝试像这样使用write.table：

write.table(tgt_cacgtg, file="tgt_cacgtg.csv", sep=",")

我得到：

  

错误（函数（...，row.names = NULL，check.rows = FALSE，check.names = TRUE，参数表示行数不同：1，6，5，2，7，4，4，11 ，3、17、8、9

如果我尝试使用sink，我会得到一个txt文件，该文件列出每个mm9 Fasta序列最多11行，否则会给我类似的东西

$`mm9_chr7_149721485_149878684_+_tgt17'
Views on a 157199-letter BString subject
   subject: ggaccagctcagcaggggcagggggcaggagcagatccctggag...gagtctgtgttctcactccggcctaaaacttttgccacactctc

   views:
          start    end width
     [1]   3291   3296     6 [cacgtg]
     [2]  11561  11566     6 [cacgtg]
     [3]  16247  16252     6 [cacgtg]
     [4]  24249  24254     6 [cacgtg]
     [5]  26048  26053     6 [cacgtg]
     ...    ...    ...   ... ...
   [13]  86453  86458     6 [cacgtg]
   [14] 119849 119854     6 [cacgtg]
   [15] 129404 129409     6 [cacgtg]
   [16] 145612 145617     6 [cacgtg]
   [17] 150437 150442     6 [cacgtg]

关于如何将S4类保存到文件中的任何建议？

Answer 1

write table仅用于将矩形对象（如data.frames）写入文件。您可能会认为您的对象是矩形的，但无法以这种方式保存存储在其类结构中的多余元数据。

有一个save函数可以保存（几乎）任何一种R对象：

save(tgt_cacgtg,file="tgt_cacgtg.RData")

然后可以加载

load("tgt_cacgtg.RData")

（重要：不要分配负载的值！

load("tgt_cacgtg.RData") -> tgt_cacgtg

不会做您想要的。该对象会使用旧名称自动加载）