Question

假设我有一个包含以下信息的txt文件：

id;nucleotides
seq1;230
seq2;40
seq1;50
seq3;30

所以最后我想要一个这样的文件（计算每个id的总核苷酸）：

id;nucleotides
seq1;280
seq2;40
seq3;30

在Perl或UNIX中有什么快速的方法吗？

Answer 1

您可以尝试

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings 'all';
use feature 'say';

my %count;

while (<DATA>) {
        chomp;
        next if $. == 1; # skip header
        my ($id, $nuc) = split(/;/, $_);
        $count{$id} += $nuc;
}

if (scalar (keys ( %count ) ) > 0) {
        say "id;nucleotides";
        foreach (sort keys %count) {
                say "$_;$count{$_}";
        }
}

__DATA__
id;nucleotides
seq1;230
seq2;40
seq1;50
seq3;30

Answer 2

确认：

awk -F';' 'NR==1;(NR>1){A[$1]+=$2} END{for(i in A)print i";"A[i]}' file

1）-F';'-;字符作为分隔符

2）NR==1;-打印第一行（标题）

3）(NR>1){A[$1]+=$2}-如果不是第一行，则将值加到$ 1哈希（a）键上

4）END{for(i in A)print i";"A[i]-完成所有文件行的总和后，以“键；值”格式打印哈希值

如何计算每个ID的总数

2 个答案: