Question

在R中，如何从程序adehabitat中的kernelUD函数将khrud对象导出到栅格文件（geoTiff）？

我尝试使用以下代码跟踪此线程（R: how to create raster layer from an estUDm object）：

writeRaster(raster(as(udbis1,"SpatialPixelsDataFrame")), "udbis1.tif")

其中udbis1是一个khrud对象，但是我收到“ as（udbis1，“ SpatialPixelsDataFrame”）中的错误：没有将“ khrud”强制转换为“ SpatialPixelsDataFrame”的方法或默认方法。我认为问题可能是旧线程是在对adehabitat软件包进行更新之前，已将数据格式从estUD更改为khrud。也许吗？

Answer 1

您没有提供可复制的示例。以下对我有用：

library(adehabitatHR)
library(raster)

data(puechabonsp)
loc <- puechabonsp$relocs

ud <- kernelUD(loc[, 1])

r <- raster(as(ud[[1]], "SpatialPixelsDataFrame"))
writeRaster(r, filename = file.path(tempdir(), "ud1.tif"))

Answer 2

AdehabitatHR解决方案对于所需格式的数据或使用多种动物时的效果很好。虽然当您想创建KDE时使用的数据组织方式不同或仅针对一个源时，它可能会令人沮丧。出于某种原因，@ johaness的答案不适用于我的情况，因此这是一种替代解决方案，可以避免进入adehabitatHR的内心之苦。

library(adehabitatHR)
library(raster)
# Recreating an example for only one animal
# with a basic xy dataset like one would get from tracking
loc<-puechabonsp$relocs
loc<-as.data.frame(loc)
loc<-loc[loc$Name=="Brock",]
coordinates(loc)<-~X+Y

ud<-kernelUD(loc)

# Extract the UD values and coordinates into a data frame
udval<-data.frame("value" = ud$ud, "lon" = ud@coords[,1], "lat" = ud@coords[,2])
coordinates(udval)<-~lon+lat
# coerce to SpatialPixelsDataFrame
gridded(udval) <- TRUE

# coerce to raster
udr <- raster(udval)

plot(udr)

将khrud对象从kernelUD导出到栅格

2 个答案: