Question

我正在尝试估算以下模型。该模型使用R中称为brms的程序包。我正在做Python中的所有数据操作。为了连接两种语言，我正在使用rpy2。我可以用brms加载rpy2包，但无法弄清楚估计模型的语法。以下是我想做的一个简单示例。我试图遵循rpy2网站上的文档，但似乎无法正常使用。该代码在R语言中本机运行。如何将其翻译为rpy2？

library(brms) 
data("kidney", package = "brms") 
head(kidney, n = 3)

fit1 <- brm(time | cens(censored) ~ age + sex + disease, 
            data = kidney, family = weibull, inits = "0")
summary(fit1)  
plot(fit1)

fit2 <- brm(time | cens(censored) ~ age + sex + disease + (1|patient),
                data = kidney, family = weibull(), inits = "0",
                prior = set_prior("cauchy(0,2)", class = "sd"))
summary(fit2)  
plot(fit2)

Answer 1

在Python中，每个非内置属性或对象都必须使用命名空间进行限定。幸运的是，在R中，一切是隐式命名空间中的一个对象！大多数新用户可能不知道，但内置的核心库base，stats，utils随每个会话加载。如此多的日常函数，例如read.csv，data.frame和lapply实际上是库中的方法，可以使用双冒号运算符以Python的样式调用：utils::read_csv()，{{1 }}，base::lapply()。要找到此类库，请在R检查方法的文档页面中使用stats::lm()（即?）并在左上角查找。

因此，当然，您只需保留所有R语法，即可遵循Python的语法规则，例如转换点名称，而无需分配?lapply运算符。但是，<-不能以交互方式呈现图形，因此您需要将图形作为图像保存到磁盘，并rpy2保存任何控制台输出。同样，挑战之一可能是内置数据集的加载。下面包括内置R datasets 包中的 mtcars 加载。希望它可以翻译。

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如何用rpy2估计Brms模型？

1 个答案: