氨基酸用量与氨基酸身份

Question

我对术语“氨基酸用法”和“氨基酸同一性”有些困惑。 如何计算氨基酸用量？我听说过“ CodonW”。我们还有其他选择吗？

第二，当我们以氨基酸身份进行鉴定时，是否可以使用氨基酸来建立系统发育关系？

谢谢

Answer 1

氨基酸使用量，或密码子使用量/偏倚，是指一种或多种生物中一种或多种蛋白质序列中存在的氨基酸的频率的比较。不能不考虑蛋白质序列中氨基酸的位置。有关更多信息，请参见：

https://en.wikipedia.org/wiki/Codon_usage_bias

氨基酸同一性或蛋白质序列比对，是两个或多个序列之间氨基酸的比较，通常是通过生物序列比对获得的。仅在估计相关的氨基酸之间进行比较，例如。由共同的祖先。参见：

https://en.wikipedia.org/wiki/Sequence_alignment

ExPASY是一个不错的网站，可搜索执行以下一项或两项任务的工具：

https://www.expasy.org/