如何在python中展平数据以加载到sql db

Question

我在python中有如下数据（有时这些长字符串中有很多条目），我想将其加载到具有三个字段的单个数据库表中：

2 63668772 Human_STR_738862 AAAAAAAAAAAA AAAAAAAAAAAAAA
2 63675572 Human_STR_738864 ACACACACACACACACACACACACACAC
ACACACACACACACACACACACACACACAC

...

我希望它看起来像这样导入sqlite3

2 63668772 Human_STR_738862 AAAAAAAAAAAA
2 63675572 Human_STR_738864 ACACACACACACACACACACACACACAC
2 63668772 Human_STR_738862 AAAAAAAAAAAAAA
2 63675572 Human_STR_738864 ACACACACACACACACACACACACACACAC

Answer 1

开始使用scikit-allel。这使我可以将vcf直接读入dataframe（df）中，在其中可以指定ALT的数量。我通过所需的键融化了df，现在可以将数据直接从df加载到sqlite中。