我是热图图的新手，并试图用我拥有的数据框来制作一个。 我无法弄清楚如何组织数据以给我一个合理的热图图。 我的数据框如下所示：
sample_name merge frequency
1: 2006-2 chr1_65311238_T_C 0.8103
2: 2006-2 chr15_90630438_ATCA_GTCG 0.7500
3: 2006-2 chr12_46246052_C_T 0.8602
4: 2006-2 chr12_46245224_CGCA_AGCT 0.9017
5: 2006-2 chr11_3720379_CACAGGG_TACGGGA 0.6308
6: 2006-2 chr7_152027701_ACA_ACG 0.8491
以及以下脚本：
library(data.table)
setwd("G:\\My Drive\\Netta\\gm_analysis")
ra_df <- fread("G:\\My Drive\\Netta\\gm_analysis\\RA064_gm.csv",
select=c(9,10,11))
library("gplots")
ra_df$merge = as.numeric(as.factor(ra_df$merge))
ra_df$sample_name = as.numeric(as.factor(ra_df$sample_name))
my_matrix <- data.matrix(ra_df)
test_plot <- heatmap.2(my_matrix, scale = "column")
test_plot
我真的很奇怪。
在上面的脚本中，我将“ sample_name”和“ merge”列转换为数字。我总共有3种样本。
我希望这3种样本位于x轴上，合并于y轴上，并且根据“频率”填充热图。
我应该如何使用Heatmap.2？