Question

我必须以某种方式绘制免疫动物的数据，以可视化保护的可能相关性。作为背景，当我们给动物接种疫苗时，它会产生抗体，该抗体可能与保护相关。我们用9种不同的蛋白质对牛进行了免疫，并测得的抗体滴度高达1.5（光学密度（O.D.））。我们还测量了高达5000的tick负荷。每只动物的每种蛋白质具有不同的效价和不同的tick负荷，也许某些蛋白质比其他蛋白质对保护更重要，我们认为通过热图可以说明这一点。

TL; DR：绘制一个热图，其中一个变量（Ticks）的范围从6到5000，另一个变量（Prot1至Prot9）的范围从1.5。

我的数据示例：

Animal  Group   Ticks   Prot1   Prot2   Prot3   Prot4   Prot5   Prot6   Prot7   Prot8   Prot9
G1-54-102   control 3030    0.734   0.402   0.620   0.455   0.674   0.550   0.654   0.508   0.618
G1-130-102  control 5469    0.765   0.440   0.647   0.354   0.528   0.525   0.542   0.481   0.658
G1-133-102  control 2070    0.367   0.326   0.386   0.219   0.301   0.231   0.339   0.247   0.291
G3-153-102  vaccinated  150 0.890   0.524   0.928   0.403   0.919   0.593   0.901   0.379   0.647
G3-200-102  vaccinated  97  1.370   0.957   1.183   0.658   1.103   0.981   1.051   0.534   1.144
G3-807-102  vaccinated  606 0.975   0.706   1.058   0.626   1.135   0.967   0.938   0.428   1.035

我对R知之甚少，但是我很高兴能了解更多有关R的知识。因此，请随意放置所需的任何代码，我会尽力理解它。

先谢谢您。路易斯

Answer 1

这里是使用ggplot2程序包创建热图的选项。您需要将数据帧从宽格式转换为长格式。如果数字是离散的，那么将Ticks列从数字转换为因数也很重要。

library(tidyverse)
library(viridis)

dat2 <- dat %>%
  gather(Prot, Value, starts_with("Prot"))

ggplot(dat2, aes(x = factor(Ticks), y = Prot, fill = Value)) +
  geom_tile() +
  scale_fill_viridis()

数据

dat <- read.table(text = "Animal  Group   Ticks   Prot1   Prot2   Prot3   Prot4   Prot5   Prot6   Prot7   Prot8   Prot9
'G1-54-102'   control 3030    0.734   0.402   0.620   0.455   0.674   0.550   0.654   0.508   0.618
'G1-130-102'  control 5469    0.765   0.440   0.647   0.354   0.528   0.525   0.542   0.481   0.658
'G1-133-102'  control 2070    0.367   0.326   0.386   0.219   0.301   0.231   0.339   0.247   0.291
'G3-153-102'  vaccinated  150 0.890   0.524   0.928   0.403   0.919   0.593   0.901   0.379   0.647
'G3-200-102'  vaccinated  97  1.370   0.957   1.183   0.658   1.103   0.981   1.051   0.534   1.144
'G3-807-102'  vaccinated  606 0.975   0.706   1.058   0.626   1.135   0.967   0.938   0.428   1.035",
                  header = TRUE, stringsAsFactors = FALSE)

Answer 2

在ggplot2 / tidyverse的最新版本中，您甚至不需要显式加载viridis-程序包。通过scale_fill_viridis_c()包括比例。激动人心的时刻！

单个热图中的两种类型的变量（使用R）

2 个答案: