Python:支持索引的内存对象数据库?

时间:2011-03-01 22:25:11

标签: python database data-munging

我正在做一些数据调整,如果我可以在内存数据库中粘贴一堆字典,然后对它进行简单的查询,这将更加简单。

例如:

people = db([
    {"name": "Joe", "age": 16},
    {"name": "Jane", "favourite_color": "red"},
])
over_16 = db.filter(age__gt=16)
with_favorite_colors = db.filter(favorite_color__exists=True)

但有三个混淆因素:

  • 某些值将是Python对象,并且序列化它们是不可能的(太慢,破坏身份)。当然,我可以解决这个问题(例如,将所有项目存储在一个大的列表中,然后在列表中序列化它们的索引......但这可能需要花费一些时间。)
  • 将有数以千计的数据,我将针对它们运行查找繁重的操作(如图遍历),因此必须才能执行高效(即索引)查询。< / LI>
  • 在示例中,数据是非结构化,因此要求我预定义模式的系统会很棘手。

那么,这样的事情存在吗?或者我需要一起解决问题吗?

9 个答案:

答案 0 :(得分:10)

如何通过sqlite3 standard library module使用内存中的SQLite数据库,使用特殊值:memory:进行连接?如果您不想编写on SQL语句,则可以始终使用ORM(如SQLAlchemy)来访问内存中的SQLite数据库。

编辑:我注意到您声明值可能是Python对象,还需要避免序列化。要求将任意Python对象存储在数据库中也需要序列化。

如果您必须遵守这两项要求,我可以提出切实可行的解决方案吗?为什么不直接使用Python词典作为Python词典集合的索引?听起来你需要建立每个指数的特殊需求;找出你要查询的值,然后编写一个函数来为每个值生成和索引。您的dicts列表中一个键的可能值将是索引的键;索引的值将是字典列表。通过给出您要查找的值作为键来查询索引。

import collections
import itertools

def make_indices(dicts):
    color_index = collections.defaultdict(list)
    age_index = collections.defaultdict(list)
    for d in dicts:
        if 'favorite_color' in d:
            color_index[d['favorite_color']].append(d)
        if 'age' in d:
            age_index[d['age']].append(d)
    return color_index, age_index


def make_data_dicts():
    ...


data_dicts = make_data_dicts()
color_index, age_index = make_indices(data_dicts)
# Query for those with a favorite color is simply values
with_color_dicts = list(
        itertools.chain.from_iterable(color_index.values()))
# Query for people over 16
over_16 = list(
        itertools.chain.from_iterable(
            v for k, v in age_index.items() if age > 16)
)

答案 1 :(得分:5)

如果内存数据库解决方案最终工作量太大,这里有一种自己过滤的方法,你可能觉得它很有用。

get_filter函数接受参数来定义您希望如何过滤字典,并返回一个可以传递给内置filter函数的函数来过滤字典列表。

import operator

def get_filter(key, op=None, comp=None, inverse=False):
    # This will invert the boolean returned by the function 'op' if 'inverse == True'
    result = lambda x: not x if inverse else x
    if op is None:
        # Without any function, just see if the key is in the dictionary
        return lambda d: result(key in d)

    if comp is None:
        # If 'comp' is None, assume the function takes one argument
        return lambda d: result(op(d[key])) if key in d else False

    # Use 'comp' as the second argument to the function provided
    return lambda d: result(op(d[key], comp)) if key in d else False

people = [{'age': 16, 'name': 'Joe'}, {'name': 'Jane', 'favourite_color': 'red'}]

print filter(get_filter("age", operator.gt, 15), people)
# [{'age': 16, 'name': 'Joe'}]
print filter(get_filter("name", operator.eq, "Jane"), people)
# [{'name': 'Jane', 'favourite_color': 'red'}]
print filter(get_filter("favourite_color", inverse=True), people)
# [{'age': 16, 'name': 'Joe'}]

这很容易扩展到更复杂的过滤,例如根据值是否与正则表达式匹配进行过滤:

p = re.compile("[aeiou]{2}") # matches two lowercase vowels in a row
print filter(get_filter("name", p.search), people)
# [{'age': 16, 'name': 'Joe'}]

答案 2 :(得分:5)

我所知道的唯一解决方案是我几年前在PyPI PyDbLite上偶然发现的一个软件包。没关系,但问题很少:

  1. 它仍然希望将所有内容序列化为磁盘,作为pickle文件。但这对我来说很简单。 (这也是不必要的。如果插入的对象是可序列化的,那么整个集合也是如此。)
  2. 基本记录类型是一个字典,在其中插入自己的元数据,在密钥__id____version__下有两个整数。
  3. 索引非常简单,仅基于记录字典的值。如果你想要更复杂的东西,比如基于记录中对象的属性,你必须自己编写代码。 (我本来打算做的事情,但从来没有去过。)
  4. 作者似乎偶尔也在努力。我使用它时有一些新功能,包括一些很好的复杂查询语法。

    假设你剔除了酸洗(我可以告诉你我做了什么),你的例子就是(未经测试的代码):

    from PyDbLite import Base
    
    db = Base()
    db.create("name", "age", "favourite_color")
    
    # You can insert records as either named parameters
    # or in the order of the fields
    db.insert(name="Joe", age=16, favourite_color=None)
    db.insert("Jane", None, "red")
    
    # These should return an object you can iterate over
    # to get the matching records.  These are unindexed queries.
    #
    # The first might throw because of the None in the second record
    over_16 = db("age") > 16
    with_favourite_colors = db("favourite_color") != None
    
    # Or you can make an index for faster queries
    db.create_index("favourite_color")
    with_favourite_color_red = db._favourite_color["red"]
    

    希望这足以让你开始。

答案 3 :(得分:3)

至于“身份”任何可以清洗的东西,你应该能够比较,以跟踪对象的身份。

Zope对象数据库(ZODB): http://www.zodb.org/

PyTables效果很好: http://www.pytables.org/moin

同样Metakit for Python效果很好: http://equi4.com/metakit/python.html
supports columns, and sub-columns but not unstructured data

研究“流处理”,如果您的数据集非常大,这可能很有用: http://www.trinhhaianh.com/stream.py/

任何可以序列化(写入磁盘)的内存数据库都会出现您的身份问题。如果可能的话,我建议将要存储的数据表示为本机类型(list,dict)而不是对象。

请记住,NumPy旨在对内存中的数据结构执行复杂的操作,如果你决定推出自己的解决方案,它可能是你的解决方案的一部分。

答案 4 :(得分:3)

我写了一个名为Jsonstore的简单模块,它解决了(2)和(3)。以下是您的示例:

from jsonstore import EntryManager
from jsonstore.operators import GreaterThan, Exists

db = EntryManager(':memory:')
db.create(name='Joe', age=16)
db.create({'name': 'Jane', 'favourite_color': 'red'})  # alternative syntax

db.search({'age': GreaterThan(16)})
db.search(favourite_color=Exists())  # again, 2 different syntaxes

答案 5 :(得分:0)

如果您愿意解决序列化问题,MongoDB可以为您服务。 PyMongo提供的界面几乎与您描述的界面完全相同。如果您决定序列化,那么由于Mongodb是内存映射的,所以命中不会那么糟糕。

答案 6 :(得分:0)

应该可以使用isinstance(),hasattr(),getattr()和setattr()完成您想要做的事情。

然而,在你完成之前,事情会变得相当复杂!

我想可以将所有对象存储在一个大列表中,然后对每个对象运行查询,确定它是什么并查找给定的属性或值,然后将值和对象作为元组列表返回。然后你可以很容易地对你的返回值进行排序。 copy.deepcopy将是你最好的朋友,也是你最大的敌人。

听起来很有趣!祝你好运!

答案 7 :(得分:0)

我昨天开始开发一个,但尚未发布。它为您的对象编制索引,并允许您运行快速查询。所有数据都保存在RAM中,我正在考虑智能加载和保存方法。出于测试目的,它通过cPickle加载和保存。

如果您仍然感兴趣,请告诉我。

答案 8 :(得分:0)

不确定它是否符合您的所有要求,但TinyDB(使用内存存储)也值得尝试:

>>> from tinydb import TinyDB, Query
>>> from tinydb.storages import MemoryStorage
>>> db = TinyDB(storage=MemoryStorage)
>>> db.insert({'name': 'John', 'age': 22})
>>> User = Query()
>>> db.search(User.name == 'John')
[{'name': 'John', 'age': 22}]

它简单而强大的查询引擎使其成为一些非常有趣的工具。有关详细信息,请参阅http://tinydb.readthedocs.io/