我需要使用bioformats-python读取显微镜图像。要使用它,需要Java VM。
我只能使用Java VM一次,如果我再次执行python脚本,则会收到错误消息。
如果我重新启动spyder内核,该脚本将仅再次起作用。
我安装了JDK(8u181)并设置了路径变量。 我在python 3.6中使用了Spyder。
这是我用来测试Java VM的代码:
import javabridge
javabridge.start_vm(run_headless=True)
try:
print(javabridge.run_script('java.lang.String.format("Hello, %s!", greetee);',
dict(greetee='world')))
finally:
javabridge.kill_vm()
我第一次执行时获得了什么:
>>> Hello, world!
这是错误消息,是我第二次尝试运行时得到的消息:
Traceback (most recent call last):
File "C:\Users\Z820\Miniconda3\envs\py37\lib\site-packages\javabridge\jutil.py", line 281, in start_thread
env = vm.create(args)
File "_javabridge.pyx", line 653, in _javabridge.JB_VM.create
RuntimeError: Failed to create Java VM. Return code = -1
Failed to create Java VM
Traceback (most recent call last):
File "<ipython-input-2-81778b2b637e>", line 1, in <module>
runfile('C:/Users/Z820/Desktop/Python/Fichier_Python/Projet_correlation/Replace Fiji/usebioformas.py', wdir='C:/Users/Z820/Desktop/Python/Fichier_Python/Projet_correlation/Replace Fiji')
File "C:\Users\Z820\Miniconda3\envs\py37\lib\site-packages\spyder_kernels\customize\spydercustomize.py", line 678, in runfile
execfile(filename, namespace)
File "C:\Users\Z820\Miniconda3\envs\py37\lib\site-packages\spyder_kernels\customize\spydercustomize.py", line 106, in execfile
exec(compile(f.read(), filename, 'exec'), namespace)
File "C:/Users/Z820/Desktop/Python/Fichier_Python/Projet_correlation/Replace Fiji/usebioformas.py", line 10, in <module>
javabridge.start_vm(run_headless=True)
File "C:\Users\Z820\Miniconda3\envs\py37\lib\site-packages\javabridge\jutil.py", line 314, in start_vm
raise RuntimeError("Failed to start Java VM")
RuntimeError: Failed to start Java VM
如果我尝试第三次启动它,我会收到一条略有不同的错误消息。
有人有解决这个问题的想法吗?
在此先感谢您的帮助,
托马斯。
答案 0 :(得分:0)
这是JVM的局限性,start_vm()只能使用一次。
有关更多信息,请参见此链接 https://github.com/LeeKamentsky/python-javabridge/issues/88
答案 1 :(得分:0)
问题与此类似:
https://jpype.readthedocs.io/en/latest/userguide.html#unloading-the-jvm
卸载JVM
JNI API定义了一个称为destroyJVM()的方法。 但是,此方法不起作用。也就是说,Sun的JVM不允许 卸货。因此,在调用shutdownJVM()之后,如果您 再次尝试调用startJVM()将会得到一个非特定的 例外。 JPype中没有任何错误(我可以看到)。所以如果太阳 可以适当地支持自己,或者如果您将JPype与 非SUN JVM可以做到(我相信IBM的JVM支持JNI调用, 但我不知道他们的destroyJVM是否可以正常运行),JPype将 能够利用它。截至撰写本文时,最新 稳定的Sun JVM是1.4.2_04。