有没有办法将lammp_file.data转换为Gromacs文件（顶部和gro），如果不能，则转换为CHARMM文件（psf和pdb）？

Question

我有一个lammps_file.data，我需要将其转换为Gromacs文件（gro和top）以运行模拟。 有谁知道如何做到这一点？ 另一个选择是从lammps转换为charmm文件（psf和pdb）。一旦获得了魅力文件，我就可以使用Topotools来获取所需的gromacs文件。

谢谢

Answer 1

确实，现在我正在尝试自己做同样的事情。 到目前为止，您可以使用intermol，将LAMMPS数据文件转换为Gromacs文件应该可以正常工作。一旦安装了intermol，并确定了到intermol转换器的路径，就可以使用以下命令：

python2.7 $conv/convert.py --lmp_in topology.data --gromacs -v

检查数据文件的格式，我仍然很难转换它。

如果您要创建psf文件， 您将需要VMD（将其谷歌搜索），然后打开tcl终端并输入：

topo readlammpsdata topology.data full
animate write psf topology.psf

第一行用于加载您的LAMMPS数据文件（如果您位于 该文件位于  2将数据转换为psf CHARMM

此外，您可以尝试this。在本文中，他们提供了一个融合的机会 gromms here的CHARMM拓扑。因此，您将转换为psf，然后转换为grotop。