错误read_xlsx(v1.0):read_fun中的错误(路径=路径,工作表=工作表,限制=限制,垫片=垫片,:std :: bad_alloc

时间:2018-07-25 16:51:03

标签: r xlsx hpc readxl

我的Mac上具有Rstudio版本1.1.447 / R 3.4.4,并且在脚本中运行该代码时没有任何问题:

NCBI16S<-read_xlsx("accession_taxon_16s.xlsx")

这是readxl版本1.1.0的版本。

我正在计算机集群(UMass GHPCC)中使用R / 3.4.0。这使用readxl版本1.0.0。我确实尝试过重新安装readxl的较新版本,并且我认为基于此:

install.packages("readxl")
  

将软件包安装到   ‘/home/gc54a/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4’(因为'lib'是   未指定)尝试网址   'https://rweb.crmda.ku.edu/cran/src/contrib/ readxl_1.1.0.tar .gz”   内容类型“应用程序/ x-gzip”的长度为2036680字节(1.9 MB)

但是此后,对于sessionInfo(),,它说readxl仍然是1.0.0版-不知道为什么。

无论如何,在HPCC R / 3.4.0上,我使用导入到主目录中的相同脚本和文件,但是现在收到错误消息:

  

read_fun中的错误(路径=路径,工作表=工作表,限制=限制,垫片=   shim ,: std :: bad_alloc

accession_taxon_16s.xlsx具有856824行和两列(NCBI ID,然后是序列数据)。

我阅读了之前的讨论,但他们似乎只关注.xls文件(#373,#432,#416),一旦切换到.xlsx,它就可以正常工作,并且.xlsx没有像.xls这样的无限循环问题文件。

任何建议将不胜感激!

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