Question

说您有以下要为Docker映像安装的软件包列表

("jsonlite","dplyr","stringr","tidyr","lubridate",
"knitr","purrr","tm","cba","caret",
"plumber","httr")

实际上安装它们大约需要1个小时！

有人建议如何加快这种速度吗？（或如何防止在每次创建新映像时都重新安装？）

旁注

我不会像这样从dockerfile安装这些软件包：

RUN Rscript -e "install.packages('stringr')
...

相反，我创建了一个R脚本Requirements.R，该脚本将安装这些软件包并执行以下操作：

RUN Rscript Requirements.R

与直接从Dockerfile安装软件包相比，这些工具不是最佳选择吗？

Answer 1

使用 binary软件包，就像我们在Rocker Project中经常使用的那样，为R提供多个Docker文件，包括官方的基于r的文件。

如果您是从Ubuntu开始的，您将获得Michael's PPAs，其中包含3000多个软件包；如果您从Debian开始，那么从发行版中获得的收益会更少，但仍然有许多基本发行版。（有一些努力将更多的二进制软件包引入Debian，但目前尚无任何进展。）

最后，创建Dockerfile当然也是编译时。您花费一次时间（每次创建容器），然后可能重复使用很多时间。另外，通过使用Docker Hub，您可以避免花费本地的CPU周期。

Answer 2

我最终按照@DirkEddelbuettel的建议使用了rocker / r-base。同样，由于这个How to avoid reinstalling packages when building Docker image for Python projects?，我以一种在每次重建Docker映像时都不会重新安装软件包的方式编写Dockerfile。

我想分享我的Dockerfile现在的样子，希望这对其他人有帮助：

FROM rocker/r-base

RUN apt-get update

# install packages 
RUN apt-get -y install libcurl4-openssl-dev
RUN apt-get -y install libssl-dev

# set work directory 
WORKDIR /myapp

# copy requirments R script
COPY ./Requirements.R /myapp/Requirements.R

# run requirments R script
RUN Rscript Requirements.R

COPY . /myapp

EXPOSE 8094

ENV NAME R-test-service

CMD ["Rscript", "my_R_api.R"]

Answer 3

我发现一个better method比上面的要多。通过使用预编译的二进制文件，它将Jenkins服务器上的构建时间从45分钟减少到3分钟。

这是我的Dockerfile：

FROM rocker/r-apt:bionic
WORKDIR /app
RUN apt-get update && \
  apt-get install -y libxml2-dev

# Install binaries (see https://datawookie.netlify.com/blog/2019/01/docker-images-for-r-r-base-versus-r-apt/)
COPY ./requirements-bin.txt .
RUN cat requirements-bin.txt | xargs apt-get install -y -qq

# Install remaining packages from source
COPY ./requirements-src.R .
RUN Rscript requirements-src.R

# Clean up package registry
RUN rm -rf /var/lib/apt/lists/*

COPY ./src /app

EXPOSE 5000
CMD ["Rscript", "Server.R"]

您可以添加文件名为requirements-bin.txt的文件包名称：

r-cran-plumber
r-cran-quanteda
r-cran-irlba
r-cran-lsa
r-cran-caret
r-cran-stringr
r-cran-dplyr
r-cran-magrittr
r-cran-randomforest

最后，一个requirements-src.R用于不能作为binairies使用的软件包：

pkgs <- c(
    'otherpackage'
)

install.packages(pkgs)

如何加快Docker中R软件包的安装

3 个答案: