合并文本文件并使用文件名创建新列

时间:2018-07-23 16:23:12

标签: r parsing

我正在尝试获取文本文件(扩展名为.annotation但仍为文本文件)的列表,并将它们合并到一个文件中。我还想用原始文件名创建一个新列,以便以后可以按文件名对表进行排序。

我有一个看起来像这样的文件列表-

const long size = 8294400;
char firstPart[14] = "3412345";
char secondPart[40] = "daffda";
char *thirdPart = new char[size];

sprintf_s(thirdPart, size, "Test TEst tset ... and other symbols");

BYTE *pFirstPart = reinterpret_cast<BYTE*>(&firstPart);
BYTE *pSecondPart = reinterpret_cast<BYTE*>(&secondPart);
BYTE *pThirdPart = reinterpret_cast<BYTE*>(&thirdPart);

BYTE *combined = new BYTE[(size + 14 + 40)];

memcpy(combined, pFirstPart, 14);
memcpy(combined + 14, pSecondPart, 40);
memcpy(combined + 14 + 40, pThirdPart, size);

我希望新文件看起来像这样-

> read.table("Sample2-1_nucleotideRate.annotation")
                  V1         V2    V3    V4 V5 V6           V7   V8   V9          V10
1    pJW316-17_beforeNGS non-coding    29    29  G  A 0.9657791941   NA   NA         <NA>
2    pJW316-17_beforeNGS non-coding    54   299  A  G 0.0064375000   NA   NA         <NA>
3    pJW316-17_beforeNGS non-coding    64   349  T  C 0.0111019737   NA   NA         <NA>
4    pJW316-17_beforeNGS       nsps    85   644  A  G 0.0044375000    9    3 synonymous>K

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