Question

我正在尝试在HPC服务器上创建自己的conda python环境，并且正在发生一些非常奇怪的事情。

问题

创建新的conda环境后，似乎python在该环境中看不到自己，并在使用基本环境...因此，我无法使用在新环境中安装的软件包，但可以在基本环境中看到它们环境...

这是我所做的

我按如下所示安装环境：

$ conda create -n niml pip python=3.6.5
$ source activate niml
(niml) $ conda install -c conda-forge luigi

然后检查安装的软件包：

(niml) $ conda list

这是我得到的非常基本的环境：

# Name                    Version                   Build  Channel
botocore                  1.10.61                    py_0    conda-forge
ca-certificates           2018.4.16                     0    conda-forge
certifi                   2018.4.16                py36_0    conda-forge
docutils                  0.14                     py36_0    conda-forge
jmespath                  0.9.3                      py_1    conda-forge
libedit                   3.1.20170329         h6b74fdf_2
libffi                    3.2.1                hd88cf55_4
libgcc-ng                 7.2.0                hdf63c60_3
libstdcxx-ng              7.2.0                hdf63c60_3
lockfile                  0.12.2                     py_1    conda-forge
luigi                     2.7.6                    py36_0    conda-forge
ncurses                   6.1                  hf484d3e_0
openssl                   1.0.2o                        0    conda-forge
pip                       10.0.1                   py36_0
pyparsing                 2.2.0                      py_1    conda-forge
python                    3.6.5                hc3d631a_2
python-daemon             2.1.2                    py36_0
python-dateutil           2.7.3                      py_0    conda-forge
readline                  7.0                  ha6073c6_4
setuptools                39.2.0                   py36_0
six                       1.11.0                   py36_1    conda-forge
sqlite                    3.24.0               h84994c4_0
tk                        8.6.7                hc745277_3
tornado                   4.5.3                    py36_0    conda-forge
wheel                     0.31.1                   py36_0
xz                        5.2.4                h14c3975_4
zlib                      1.2.11               ha838bed_2

然后我尝试运行python并导入安装了luigi的软件包，但找不到错误。

(niml) $ python

>>> import luigi
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
ModuleNotFoundError: No module named 'luigi'

我还尝试导入numpy，它在基本环境中而不是在新环境中，并且可以工作。

>>> import numpy

以上方法有效，这意味着python认为它在基本环境中运行。

正在我自己的环境中运行Python

我检查了正在执行哪个python，并且确实是新环境niml中的一个：

>>> import sys
>>> sys.executable

'~/.conda/envs/niml/bin/python'

也在命令行中进行了检查，它是环境中的python可执行文件：

(niml) $ which python

~/.conda/envs/niml/bin/python

我正在使用HPC

我已经创建了anaconda环境数百次，但从未遇到过此问题。唯一的区别是我使用的是HPC服务器，因此我必须进行如下操作：

module load python/anaconda3

这是我与通常的工作流程中唯一看到的可能会导致此问题的区别...

其他任何人都曾经见过这个问题并且能够解决它？

Answer 1

我试图解决一个类似的问题，并通过virtualenv而不是使用conda环境来解决。我相信Anaconda与您的计算机之间存在冲突，因为两者都认为他们正在控制您的新环境，因此在virtualenv中设置新环境似乎可以解决。

如果有帮助，这是使用virtualenv设置环境的方法。如果您还没有一个新环境，请为其创建一个位置：

mkdir ~/virtualenvironment

设置虚拟环境：

virtualenv ~/virtualenvironment/niml/ --python=python3.6.5

激活您的环境：

source bin/activate

确保已安装所需的任何软件包：

pip install luigi

检查程序包是否可以在python中正确导入：

python
import luigi

要停用：

source deactivate

无法导入在新的Conda环境中安装的软件包

1 个答案: