我有想要绘制分布密度的数据。数据来自三组,每组有三个状态,每个状态都有一个概率,这些概率之和为1。
我正在尝试使用R
的{{1}}来绘制每个组的概率密度(按状态进行颜色编码),并向每个组中添加一些文本plotly
这样的团体情节。最后,我尝试使用annotation
组合所有这些组图。
以下是用于生成数据和plotly::subplot
组图的代码:
list
请注意,我只将library(dplyr)
library(reshape2)
library(plotly)
set.seed(1)
plot.list <- lapply(1:3,function(g){
if(g == 1){
show.legend <- T
} else{
show.legend <- F
}
df <- data.frame(id=LETTERS,t(sapply(1:length(LETTERS),function(x){
probs <- runif(3,0,1)
return(probs/sum(probs))
}))) %>% dplyr::rename(S1=X1,S2=X2,S3=X3) %>%
reshape2::melt() %>% dplyr::rename(state=variable,probability=value)
df$state <- factor(df$state,levels=c("S1","S2","S3"))
density.df <- do.call(rbind,lapply(levels(df$state),function(s){
dens <- density(dplyr::filter(df,state == s)$probability)
return(data.frame(x=dens$x,y=dens$y,state=s,stringsAsFactors=F))
}))
density.df$state <- factor(density.df$state,levels=levels(df$state))
dens.plot <- plot_ly(x=~density.df$x,y=~density.df$y,type='scatter',mode='lines',color=~density.df$state,showlegend=show.legend) %>%
layout(xaxis=list(title="Probability",zeroline=F),yaxis=list(title="Count",zeroline=F)) %>%
add_annotations(x=0.75,y="top",text=paste0("text: ",g))
if(show.legend) dens.plot <- dens.plot %>% add_annotations(text="State",xref="paper",yref="paper",x=1.02,xanchor="left",y=1.02,yanchor="top",legendtitle=T,showarrow=F)
return(dens.plot)
})
添加到第一组中,因此它在最终分组图中仅出现一次(可能有一种更优雅的实现方式)。
这是我正在使用的legend
命令:
plotly::subplot
哪个给:
如您所见,文本subplot(plot.list,nrows=3,shareX=T,shareY=T,titleX=T,titleY=T)
停留在第一个图的“顶部”,而不是每个单独图的顶部。
您知道如何将每个annotation
放置在其相应子图的顶部吗?
答案 0 :(得分:2)
序言。出于我不十分清楚的原因(但与运行subplot
时批注值的缩放方式有关),批注似乎与垂直堆叠的子图不符。要查看此信息,请在https://plot.ly/r/text-and-annotations/#subplot-annotations运行MWE,但要更改
subplot(p1, p2, titleX = TRUE, titleY = TRUE)
到
subplot(p1, p2, titleX = TRUE, titleY = TRUE, nrows = 2)
在垂直堆叠的版本中,注释不在我们期望的位置。为了获得所需的结果,将需要对subplot
输出进行一些后处理。现在,您的主要问题。
首先,在add_annotations
中,添加与每个xref
对应的yref
和subplot
自变量。在plot.list
的每个元素中,我还添加了一个额外的元素y_anno
来跟踪注释的位置(每个子图中密度的最大值)。
plot.list <- lapply(1:3,function(g){
if(g == 1){
show.legend <- T
} else{
show.legend <- F
}
df <- data.frame(id=LETTERS,t(sapply(1:length(LETTERS),function(x){
probs <- runif(3,0,1)
return(probs/sum(probs))
}))) %>% dplyr::rename(S1=X1,S2=X2,S3=X3) %>%
reshape2::melt() %>% dplyr::rename(state=variable,probability=value)
df$state <- factor(df$state,levels=c("S1","S2","S3"))
density.df <- do.call(rbind,lapply(levels(df$state),function(s){
dens <- density(dplyr::filter(df,state == s)$probability)
return(data.frame(x=dens$x,y=dens$y,state=s,stringsAsFactors=F))
}))
density.df$state <- factor(density.df$state,levels=levels(df$state))
dens.plot <- plot_ly(x=~density.df$x,
y=~density.df$y,
type='scatter',
mode='lines',
color=~density.df$state,
showlegend=show.legend) %>%
layout(xaxis=list(title="Probability",zeroline=F),yaxis=list(title="Count",zeroline=F)) %>%
add_annotations(x = 0.75,
y = max(density.df$y),
text = paste0("text: ", g),
xref = paste0("x", g), # add this
yref = paste0("y", g), # add this
ax = 0,
ay = 0)
if(show.legend) dens.plot <- dens.plot %>% add_annotations(text="State",xref="paper",yref="paper",x=1.02,xanchor="left",y=1.02,yanchor="top",legendtitle=T,showarrow=F)
dens.plot$y_anno <- max(density.df$y) # add this
return(dens.plot)
})
现在,如果我们运行subplot(plot.list,nrows=3,shareX=T,shareY=T,titleX=T,titleY=T)
,则文本将出现在每个子图中,但不会位于顶部(由于我在前言中描述的现象)。要解决此问题,我们可以对subplot
输出进行后处理:
p <- subplot(plot.list, nrows = 3,shareX = T,shareY = T,titleX = T,titleY = T)
for (i in seq_along(plot.list)) {
for (j in seq_along(p$x$layout$annotations)) {
if (p$x$layout$annotations[[j]]$yref == paste0("y", i))
p$x$layout$annotations[[j]]$y <- plot.list[[i]]$y_anno
}
}
现在p
给了我们
接近我们想要的。