Question

感谢您的帮助。我相信我需要使用“边读边读”来实现我希望在这里实现的目标。我曾在论坛中寻找过类似的问题，但找不到一个示例，其中从另一个文件调用了多个变量。

我有file.txt，它有两列，长约1000行，看起来像这样：

    Thread backgroundThread2 = new Thread() {
        @Override
        public void run() {
            // Do stuff in background
        }
    };
    backgroundThread2.start();

我想编写一个脚本，对于file.txt的每一行，将从第1列和第2列中获取变量并将其放在命令的不同部分。现在，我知道此语法是完全错误的，但是出于说明目的，我希望它看起来像：

1 rs3131962
3 rs12562034
2 rs4040617
8 rs79373928
2 rs11240779

..其中$ 1和$ 2代表file.txt中每一行的第一和第二列中的变量。

基本上，我希望它读取file.txt的第1行并执行：

#!/bin/bash
filename='file.txt'
while read file.txt;
do 
./qctool -g chr"$1"_v3.bgen  -os chr"$1"_"$2".bgen -condition-on "$2"
done

完成后，移至第二行并执行：

./qctool -g chr1_v3.bgen  -os chr1_rs3131962.bgen -condition-on rs3131962

依次类推，适用于file.txt中的所有〜1000行

有人可以帮助我正确使用语法，以将第1列和第2列中的变量分别添加到脚本中吗？

为我的尝试感到贫穷而深表歉意-任何帮助都会受到感激。

Answer 1

您只需要在read命令中命名变量：

#!/bin/bash
filename='file.txt'
while read -r first second
do 
./qctool -g chr"$first"_v3.bgen  -os chr"$first"_"$second".bgen -condition-on "$second"
done < "$filename"

此外，read从标准输入读取，因此在< "$filename"之后使用done在标准输入上传递文件的内容。

顺便说一句，我在-r上添加了read开关，因为它没有害处，并且停止了shell尝试在其输入中使用\进行“巧妙”操作阅读。

Bash脚本使用“读取时”从文件中调用两个不同的变量

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