Question

我正在用ggplot2和geom_point（）绘制一个富集分析，根据pvalue为这些点着色。 p值介于4.681209e-05和1.724922e-30之间。

看起来像这样：

一切似乎都很好，直到您查看颜色图例：尽管p值下降到e-30，图例标签仍在e-5范围内。我进行了一些健全性检查：

自从我使用viridis库为剧情重新着色后，我删除了步骤并允许使用默认的蓝色调着色->不是绿色。
我手动检查了一些蓝绿黄点的p值：它们的确在e-5范围内->图例标签是正确的，是导致配色方案失真的原因。这意味着大多数色彩空间都用完了4e-5和1e-5之间的值，而其他所有值（低至e-30）都被压缩为深蓝色和紫色之间的颜色。
要检查整个动态范围是否仍然存在，而不仅仅是切分，我在pvalue列表中人为地引入了0。如您现在所见，还有一个附加标签指示深紫色范围内零的位置

我想在整个颜色空间中将p值线性映射到颜色，但是我找不到与此设置有关的任何选项。
另外，我找不到这样的行为不是默认行为的原因，以及我的代码的哪一部分弄乱了它，以防实际上它是默认行为。

谢谢！

我的代码

ggplot(top_anatomy, aes(x = sample, y = Anatomy_term, size = n_genes, color = pvalue)) +  
    geom_point() +  
    scale_color_viridis(option="viridis") +  
    ggtitle(paste(top, "most upregulated anatomy terms per sample")) +   
    labs(x = "",  
        y = "Anatomy term",  
        size = "Expressed genes in term",  
        color = "Adjusted p-value") +  
    theme(axis.line = element_line(size=0.5, colour = "darkgray"),  
        panel.grid.major = element_blank(),  
        panel.grid.minor = element_blank(),  
        panel.border = element_blank(),  
        panel.background = element_blank(),  
        axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 1))

和我的数据

# A tibble: 80 x 6  
# Groups:   sample [8]  
sample         Anatomy_term                   pvalue genes     EMAPA n_genes  
<chr>          <fct>                           <dbl> <chr>     <chr>   <int>  
 1 Sample x  mesenchyme                   0.       MGI:1017~ EMAP~     501  
 2 Sample x  paraxial mesenchyme          1.72e-30 MGI:1017~ EMAP~     152  
 3 Sample x  somite                       1.17e-28 MGI:1017~ EMAP~     141  
 4 Sample y  endoderm                     4.50e-28 MGI:1033~ EMAP~     105  
 5 Sample y  trunk mesenchyme             3.93e-26 MGI:1017~ EMAP~     126  
 6 Sample y  embryo mesenchyme            1.74e-25 MGI:1017~ EMAP~     303  
 7 Sample z  alimentary system mesenchyme 1.85e-25 MGI:1017~ EMAP~      84  
 8 Sample z  mesenchyme                   5.00e-25 MGI:1017~ EMAP~     303  
 9 Sample z  embryo mesenchyme            2.33e-24 MGI:1017~ EMAP~     279  
10 Sample j  mesenchyme                   6.21e-24 MGI:1017~ EMAP~     279  
# ... with 70 more rows

ggplot2-绘图着色不遵循线性比例

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