`bookdown` /`rmarkdown` /`knitr`：非代码顺序处理如何？

Question

按照程序，我的bookdown项目按如下方式进行：

1. 读取原始数据-产生各种统计信息。
2. 数据预处理（对数，归一化，插补）-生成各种图以监视发生的总体级缺陷。
3. 用于分析质量控制的PCA-绘制PCA和以载荷为主的数据点的图。
4. 差异表达分析-生成火山图和表征显着差异表达特征的图。
5. 在各种生物本体系统中对4.的差异表达特征的过度表示分析-生成了丰富类别的示例条形图。

我使用bookdown进行了很好的分析和叙述，可以高效地快速丢弃临时（相当大的）数据集/ ggplot2对象（转换前/转换后的数据等）。

但是：目标受众主要/仅对4.和5.感兴趣，这使我想到了以下结构：

  

4。，5.，附录（1.，2.，3.）

除了预先计算1.-5之外，还有其他方法吗？然后按目标顺序重新访问-我希望尽可能避免在内存中累积所有这些ggplot2对象。

Answer 1

您可以执行以下操作：

1. 将步骤1-3和4-5分成两个单独的*.Rmd文件，例如123.Rmd和45.Rmd。
2. 在45.md的开头添加一个将123.Rmd编织到123.md的代码块：

```{r knit123, include = FALSE} knitr::knit("123.Rmd", output = "123.md") ```

这将在Markdown中生成步骤1-3的输出，并使由此创建的所有对象可用于步骤4-5。

1. 在45.Rmd的末尾添加一个代码块，读取123.md会显示其内容：

```{r include123, results = "asis"} cat(readLines("123.md"), sep = "\n") ```

results = "asis"将阻止任何进一步的处理，因为它已经是有效的Markdown。

1. 将45.Rmd编织为所需的任何目标格式。

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编辑（1） ：

TL; DR ：与其在整个步骤4-5中将步骤1-3的对象存储在内存中，以便随后进行打印，请先打印它们并将结果存储在磁盘上。

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编辑（2）：

由于您明确提到了书本，所以：如果在编织过程结束时有一个YAML选项包括Markdown文件，我将不会感到惊讶（类似include-after: 123.md）；但我不确定从头顶就知道，而且我懒得自己抬头。 ;-）