上下文: 我正在尝试使用trackpy包进行研究。我在Mac电脑上,并且正在(主要)使用Spyder。我正在跟踪有问题的演练(https://soft-matter.github.io/trackpy/v0.3.2/tutorial/walkthrough.html),并尝试在tif文件中使用它。这是我的代码:
#Install trackpy (https://soft-matter.github.io/trackpy/v0.3.2/installation.html)
!conda update conda --yes
!conda install -c conda-forge trackpy --yes
#Use trackpy (trackpy walkthrough: https://soft-matter.github.io/trackpy/v0.3.2/tutorial/walkthrough.html)
from __future__ import division, unicode_literals, print_function
import matplotlib as mpl
import matplotlib.pyplot as plt
%matplotlib inline
import numpy as np
import pandas as pd
from pandas import DataFrame, Series
import pims
import trackpy as tp
#Install libtif for pims.Tiffstack, per the README (which leads to this link: http://nbviewer.jupyter.org/github/soft-matter/pims/blob/master/examples/loading%20video%20frames.ipynb)
!conda install libtiff --yes
frames = pims.TiffStack("/Users/(my username)/Documents/TSVIEW_Test_5_Grey_1.tif", as_grey=True)
问题:当我第一次编写代码时,出现了错误:
TypeError: init ()获得了意外的关键字参数'as_grey'
根据Trackpy演练,应将as_grey作为参数。
但是,当我重新启动计算机时,出现了另一条错误消息(据我所知,没有任何代码更改):
/anaconda3/lib/python3.5/site-packages/tifffile/tifffile.py:2113:UserWarning:无效的ImageJ元数据或损坏的文件 warnings.warn(“无效的ImageJ元数据或损坏的文件”)
同样,我没有在重新启动之间更改代码。
有趣的是,当我在其他运行python的软件中尝试此代码时,我再次遇到了第一个错误。我在Google Colab中尝试过。我对代码所做的唯一更改是使用pip代替了conda(Colab仅支持pip),每个在trackpy安装页面(https://soft-matter.github.io/trackpy/v0.3.2/installation.html上下载pip所需的其他依赖项,然后按照“外部数据:驱动器,工作表和Cloud Storage的Colab指南。
我尝试过的事情: 我已经研究了两个问题。首先,我找到了一个页面,问同样的问题(pims.Video parameter issue in Spyder),但是唯一提供的解决方案是“安装问题”,其中某些模块是“来自错误的来源”。 ?),这是什么意思?如何从正确的来源安装模块?
第二次,我在pims网站上发现pims基于tifffile依赖项(http://soft-matter.github.io/pims/v0.4/tiff_stack.html)。然后,我找到了带来错误消息的代码(来自tifffile.py页https://github.com/scikit-image/scikit-image/blob/master/skimage/external/tifffile/tifffile.py的第2415行),但是我仍然不知道如何解决它。
如何解决这些错误?