记录具有不同视场的非各向同性CT扫描

Question

我对医学图像配准非常陌生。

我试图记录两个CT体积，第一个是轴向尺寸为（384,384,31），间距为（0.57,0.57,4.8）的轴向体积，第二个是矢状扫描，尺寸为（384,384,15）和间距（0.67,0.67,2.2），以便利用它们之间的重叠区域创建超分辨率并获得各向同性扫描。

因此，问题在于体积具有不同的方向以及不同的视场。即矢状扫描中的轴向切片仅包含轴向扫描中存在的一小部分，换句话说，我需要裁剪轴向扫描中的轴向切片以匹配矢状切片的FOV，依此类推以创建蒙版用于simpleitk刚性配准算法。

我还认为我需要在某些时候重新采样两个卷的掩码。

我的问题是，如何创建遮罩以及我可以使用nifti文件中提供的任何元数据来做到这一点？我有方向，原点和索引点矩阵。

非常感谢。

Answer 1

我将从一些评论开始：

1. 在SimpleITK世界中，您的两个图像都是体积，没有根本的区别（轴向与矢状）。这些卷只是具有不同的间距，注册框架暗中考虑了这些间距。
2. 我不确定您指的是矢状CT扫描的意思。 CT被重建/计算为轴向切片（x，y，其间距小于沿z轴（即沿头脚方向的扫描方向）的间距）。这似乎与您的两个体积的参数一致，所以不确定为什么将其中一个称为轴向而将另一个称为矢状。

要解决您的注册问题：

我会在固定图像上使用遮罩来指示预期的重叠区域（例如图像的底部1/2），因此您无需裁剪任何内容。然后，您需要设置一个初始变换，以使该区域与第二个图像的顶部1/2重叠。掩码和初始化的组合将在相关区域和地图中具有配准算法采样点 他们到运动图像。

最后，由于您是医学图像配准的新手，虽然我希望其他配准笔记本也能为您提供帮助，但是翻阅我们的Jupyter notebooks笔记本65可能会特别受益于面具。