Question

我正在尝试从文本文件收集数据。当我打印输出时，它们返回我要寻找的正确值，但是，当我尝试使用xlsxwriter将这些输出放到表中时，该表仅包含txt文件最后一行的输出，重复量文本文件中有行的次数。即有5000行文本，我需要3条信息，.xlsx文件具有5000行和3列，但都包含文本文件中最后一行的信息。

EC：1> GO：N-乙基马来酰亚胺还原酶活性; GO：0008748

EC：1> GO：氧化还原酶活性; GO：0016491

EC：1> GO：辅酶F420脱氢酶活性降低; GO：0043738

EC：1> GO：硫氧化酶还原酶活性； GO：0043826

EC：1> GO：苹果乳酸酶活性； GO：0043883

^ txt文件的外观

6.6.1.2钴螯合酶活性0051116

... ... ...

（表格的外观，但可显示5000行）

任何帮助将不胜感激，问候

import xlsxwriter

File = 'EC_to_GO.txt'  
def analysis(line, output):
    with open(File) as fp:  
        lines = fp.readlines()

    for line in lines:
        output[0] = line[3:].split(' > ')[0]
        output[1] = line[:-14].split(' > GO:')[-1]
        output[2] = line[-8:]
    return output


with open(File) as fp:  
        lines = fp.readlines()

for line in lines:
    if 'Generated on 2018-07-04T09:08Z' in line:
            a = lines.index(line)

    for line in lines:
        if 'GO:cobaltochelatase activity ; GO:0051116' in line:
            b = lines.index(line)

req_list = lines[a:b]

rxn_end_index = []

for i in range(len(req_list)):
    if '> GO:' in req_list[i]:
        rxn_end_index.append(i)

inner_list = []

outer_list =[]

spare = [0] + rxn_end_index

for i in range(len(spare)-1):
    inner_list = req_list[spare[i]:spare[i+1]]
    outer_list.append(inner_list)



res_list=[]
for i in range(len(outer_list)):
    res_list.append(analysis(outer_list[i],['NA','NA','NA']))




    # Create a workbook and add a worksheet.
workbook = xlsxwriter.Workbook('EC_to_GO.xlsx')
worksheet = workbook.add_worksheet('EC_to_GO')

    #res_list1 = [EC, Genome name, GO]

    #for i in res_list:
        #res_list1.append(i)

    # Some data we want to write to the worksheet.
t = tuple(res_list)

    # Start from the first cell. Rows and columns are zero indexed.
row = 0
col = 0

    # Iterate over the data and write it out row by row.
for a,b,c in (t):
    worksheet.write(row, col,     a)
    worksheet.write(row, col + 1, b)
    worksheet.write(row, col + 2, c)  
    row += 1


workbook.close()

Answer 1

您基本上是将相同的列表附加到res_list。因此，您拥有同一output列表的多个副本。

要解决：代替

res_list.append(analysis(outer_list[i],['NA','NA','NA']))

#And in the previous loop
for i in range(len(spare)-1):
    inner_list = req_list[spare[i]:spare[i+1]]
    outer_list.append(inner_list)

将其更改为：

res_list.append(analysis(outer_list[i],['NA','NA','NA'])[:])
for i in range(len(spare)-1):
    inner_list = req_list[spare[i]:spare[i+1]]
    outer_list.append(inner_list[:])

或

res_list.append(copy(analysis(outer_list[i],['NA','NA','NA']))) 
for i in range(len(spare)-1):
    inner_list = req_list[spare[i]:spare[i+1]]
    outer_list.append(copy(inner_list))

符号列表[：]创建列表的副本。从技术上讲，您正在创建整个列表的一部分。

返回的输出未进入xlsxwriter

1 个答案: