Question

我正在尝试运行R脚本（特别是，我正在使用Bioconductor软件包Slingshot中的“ getLineages”函数。

我想知道为什么在使用此功能时会出现错误“矢量内存耗尽（达到极限？）”，因为与其他功能相比，它似乎不是最占用内存的功能包（包含我正在分析的数据）。

我确实知道在Stackoverflow上还有其他类似的问题，但是它们都建议切换到R的64位版本。但是，我已经在使用此版本。到目前为止，这个问题似乎没有其他答案，我想知道是否有人知道？

数据仅约120mb，远小于计算机的8GB RAM。

Answer 1

对于使用Rstudio的用户，我发现设置Sys.setenv('R_MAX_VSIZE'=32000000000)（如在多个StackOverflow帖子中所建议的那样）仅在命令行上有效，并且在使用Rstudio时设置该参数不能防止此错误：

Error: vector memory exhausted (limit reached?)

更多阅读后，我发现了this线程，该线程阐明了Rstudio的问题，并确定了解决方案，如下所示：

第1步：打开终端，

第2步：

cd ~
touch .Renviron
open .Renviron

第3步：将以下内容保存为.Renviron的第一行：

R_MAX_VSIZE=100Gb

注意：此限制包括物理内存和虚拟内存。因此，在具有16Gb物理内存的计算机上设置_MAX_VSIZE = 16Gb可能不会防止此错误。您可能需要使用此参数，具体取决于计算机的规格

Answer 2

我遇到了同样的问题，增加"R_MAX_VSIZE"对我的情况没有帮助，而是清除不再需要的变量解决了该问题。希望这对在这里挣扎的人们有所帮助。

rm(large_df, large_list, large_vector, temp_variables)