python中的多维缩放和可视化

时间:2018-07-11 18:27:15

标签: r python-3.x matplotlib multi-dimensional-scaling

我有一个distance matrix,我需要执行多维缩放和可视化。我知道可以通过cmdscale库在R中完成以下操作:

m <- as.matrix(read.table("ibd_view.mdist"))
mds <- cmdscale(as.dist(1-m))
k <- c( rep("green",45) , rep("blue",44) )
plot(mds,pch=20,col=k)

产生以下图形: enter image description here

我需要在python中这样做。在线搜索中曾提到Python you need to write the code by yourself中有mentioned sklearn package is able to do it,但我找不到完整的答案。我想知道是否有一种方法可以像在R中一样在python matplotlib中制作图形。

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