在当前工作目录中找不到文件

Question

我有一个非常基本的问题。我正在尝试运行STAR，以将一些读数与测序实验对齐。我有大约30个样本。我首先根据来源样本将fast.gz文件拆分为30个文件夹。换句话说，在每个对应于Sample *的文件夹中，有4个名为* .fastq.gz的文件（由于有4条通道，因此有4个文件）。我正在尝试以这种方式在每个文件夹中循环显示STAR：

for i in Sample*/;
do
cd $i;
qsub my_align_script.sh;
cd ..; done

其中my_align_script.sh包含以下内容：

for i in *fastq.gz; do
STAR  --runMode alignReads --genomeLoad  LoadAndKeep --readFilesCommand zcat --outSAMtype BAM Unsorted --genomeDir "path" --readFilesIn $i ${i%.fastq.gz}.fastq.gz --runThreadN 10 --outFileNamePrefix ${i%.fastq.gz}
done

但不幸的是，似乎没有找到任何* fast.gz文件。

我试图强制查看每个Sample *文件夹的当前工作目录，并在开头指定cd $ path，但是在运行for循环以启动文件夹上的作业时什么也没有。

有人可以帮我吗？