如何基于巧合来解析添加特定字符的文件?

时间:2018-07-09 10:07:21

标签: file parsing

我有一个像这样的大文件:

#bedGraph section chr1:0-1024000

1000    0
2000    0
3000    0.003902
4000    0.070963
.............

原始#bedGraph节chr1:0-1024000在文件中重复,但是将chr1更改为chr2,chr3 ....如果原始文件具有chr1,我想添加到此文件的内容是“ chrom = chr1” ,如果原始文件具有chr1 ..,则为“ chrom = chr2”,因此最终结果应为:

#bedGraph section chrom=chr1 chr1:0-1024000

由于我不是程序员,所以我想知道在Linux或Pearl中是否存在快速简便的方法。 非常感谢!

1 个答案:

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似乎可以使用一个简单的正则表达式。尝试一下(在终端中):

perl -pe 's/ (chr.+?):/ chrom=$1 $1:/' {source file} > {target file}