我正在使用dendextend::tanglegram()
比较两棵树的拓扑。我观察到有时不正确的黑色分配给实际上是一致的树枝(因此应该着色)。这是一个错误还是我做错了什么?谢谢!
dend1.nwk:
(((((((((((((((((((((((1:1,2:1):1,3:2):1,4:3):1,(5:1,6:1):3):1,7:5):1,((8:1,9:1):1,10:2):4):1,(((((11:1,12:1):1,(13:1,14:1):1):1,((15:1,16:1):1,17:2):1):1,18:4):1,19:5):2):1,20:8):1,(((21:1,22:1):1,23:2):1,24:3):6):1,((((25:1,26:1):1,(27:1,28:1):1):1,29:3):1,30:4):6):1,(((31:1,32:1):1,33:2):1,34:3):8):1,((((35:1,36:1):1,37:2):1,(38:1,39:1):2):1,(((40:1,41:1):1,42:2):1,43:3):1):8):1,44:13):1,((((45:1,46:1):1,47:2):1,(48:1,49:1):2):1,50:4):10):1,51:15):1,((((52:1,53:1):1,(54:1,55:1):1):1,56:3):1,57:4):12):1,((58:1,59:1):1,60:2):15):1,61:18):1,62:19):1,63:20):1,(64:1,65:1):20):1,(66:1,67:1):21):1,68:23);
dend2.nwk:
(((((((((((((((((((((((1:1,2:1):1,(3:1,4:1):1):1,((5:1,6:1):1,7:2):1):1,8:4):1,9:5):1,10:6):1,(((((11:1,12:1):1,13:2):1,14:3):1,(15:1,16:1):3):1,(((17:1,18:1):1,19:2):1,20:3):2):2):1,(((21:1,22:1):1,23:2):1,24:3):5):1,((((25:1,26:1):1,(27:1,28:1):1):1,29:3):1,30:4):5):1,(((31:1,32:1):1,33:2):1,34:3):7):1,((((35:1,36:1):1,37:2):1,(38:1,39:1):2):1,(((40:1,41:1):1,42:2):1,43:3):1):7):1,44:12):1,45:13):1,(((46:1,47:1):1,48:2):1,(49:1,50:1):2):11):1,51:15):1,((((52:1,53:1):1,(54:1,55:1):1):1,56:3):1,57:4):12):1,((58:1,59:1):1,60:2):15):1,61:18):1,62:19):1,63:20):1,(64:1,65:1):20):1,(66:1,67:1):21):1,68:23);
解缠并绘制缠结图:
dend1 <- ReadDendrogram("dend1.nwk")
dend2 <- ReadDendrogram("dend2.nwk")
dend2_corrected <- untangle_step_rotate_1side(dend2, dend1)[[1]]
tanglegram(dend1, dend2_corrected, margin_inner=3, margin_outer=0, highlight_branches_lwd=FALSE, common_subtrees_color_branches = TRUE, axes=FALSE, highlight_distinct_edges=FALSE)
在下面的示例中,例如叶子61-63,我希望它们会被着色(因为这部分树是相同的)