R-计算flexsurvreg或aftreg对象的残差

时间:2018-07-06 15:37:07

标签: r statistics survival

我正在估计随时间变化的协变量的加速失效时间生存模型,并希望为我估计的模型计算偏差残差。

对于固定时间协变量,使用survival::survregstats::residuals可以轻松实现。这是一个来自this webpage的示例(数据是ovarian包中包含的survival数据集):

survregLogLogistic <- survreg(Surv(futime, fustat) ~ ecog.ps + rx, data=ovarian, dist = "loglogistic") devRes <- residuals(survregLogLogistic, type="deviance")

但是,survival::survreg无法处理时变协变量(有关如何格式化此类数据以进行R中的生存分析的示例,请参见here)。因此,我需要按如下方式使用flexsurv::flexsurvregeha::aftreg(没有随时间变化的协变量,但这足以重现问题):

flexsurvregLogLogistic <- flexsurvreg(Surv(futime, fustat) ~ ecog.ps + rx, data=ovarian, dist = "llogis")

估算工作正常,但是residuals命令不起作用(使用survival::residuals仔细查看methods(residuals)函数,您会发现{{ 1}}或flexsurv::flexsurvreg函数)。这是残差函数的输出:

  

>残差(flexsurvregLogLogistic,类型=“ deviance”)

     

NULL

现在为eha::aftreg

eha::aftreg

  

>残差(aftregLogLogistic,类型=“ deviance”)

     

NULL

如何计算来自aftregLogLogistic <- aftreg(Surv(futime, fustat) ~ ecog.ps + rx, data=ovarian, dist = "loglogistic")flexsurv::flexsurvreg对象的偏差(或潜在的mar)残差?

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