R完全互连的加权图

Question

我一直在尝试使用R中的igraph包来绘制一个网络图，其中每对节点之间的加权关系介于-4和4之间（-4表示“尽可能远”）。最初，我绘制了数据，可以使用权重来标注链接的粗细，但不会影响布局。修剪“最差”边缘会有所帮助，但是会导致弱链接的节点掉到图上，请参见本示例中的＃64和＃119，并且似乎不会很好地将“低”值节点分开。我最终想要的是将节点绘制成尽可能靠近“相似”节点，并且远离不同节点。 （编辑：将数据文件中的Weight更改为weight会有所帮助，将表述问题更清楚地提出来）

我的代码是，而我的示例日期文件在这里：https://www.dropbox.com/s/kuqo3a8twa149gd/paris_rouen.zip?dl=0

datefile_base <- "paris_rouen_utrecht"
nodes <- read.csv(paste(datefile_base, "-nodes.csv", sep=""), header=T, as.is=T)

links <- read.csv(paste(datefile_base, "-edge.csv", sep=""), header=T, as.is=T)
library(igraph)
require(stats)

net <- graph_from_data_frame(d=links, vertices=nodes, directed=F) 
simplify(net, edge.attr.comb=list(weight="sum","ignore"))
translucent <- rainbow(5, alpha=.5)
V(net)$color <- translucent[V(net)$UseNumber]

plot.new
cut.off <- quantile(links$Weight)["75%"] 
net.sp <- delete_edges(net, E(net)[Weight<cut.off])
layout_with_fr(net.sp)
plot(net.sp) 
legend("topleft", c("Paris","Rouen", "Utrecht", "Unknown"), pch=21,
       col="#777777", pt.bg=translucent, pt.cex=2, cex=.8, bty="n", ncol=1)