如何在Traminer中结合状态分布图和单独的图例？

Question

在TraMineR中使用seqdplot绘制多个群集可能会使图例混乱，尤其是在与多种状态结合使用时。这需要用于修改图例的其他选项，而图例可与seqlegend函数一起使用。但是，我很难将状态分布图（seqdplot）与单独的修改图例（seqlegend）结合在一起。理想情况下，您希望在没有图例的情况下绘制聚类（例如9），然后在可用的右下角添加单独的图例，但单独的图例会生成一个新的绘制窗口。有人可以帮忙吗？

这是使用生物样本数据的示例。有了我在自己的研究中使用的数据，由于我有11个州，因此图例变得更加混乱。

#Data
library(TraMineR)
library(WeightedCluster)
data(biofam)
biofam.seq <- seqdef(biofam[501:600, 10:25])

#OM distances
biofam.om <- seqdist(biofam.seq, method = "OM", indel = 3, sm = "TRATE")

#9 clusters
wardCluster <- hclust(as.dist(biofam.om), method = "ward.D2")
cluster9 <- cutree(wardCluster, k = 9)

#State distribution plot
seqdplot(biofam.seq, group = cluster9, with.legend = F)

#Separate legend
seqlegend(biofam.seq, title = "States", ncol = 2)

#Combine state distribution plot and separate legend  
#??

谢谢。

Answer 1

当您正在绘制的其他图使用seqlegend()参数时，

AFAIK groups不起作用。在您的情况下，seqlegend()唯一要添加的是标题“州”。如果您要添加图例，以便自定义图例中的内容，等等，可以通过提供分析中使用的相应alphabet和states来实现。

该程序包的网站上有多个演练和列举各种选项等的指南：Link to their webiste

#Data
library(TraMineR)
library(WeightedCluster)
data(biofam)

## Generate alphabet and states
alphabet <- 0:7
states <- letters[seq_along(alphabet)]

biofam.seq <- seqdef(biofam[501:600, 10:25], states = states, alphabet = alphabet)

#OM distances
biofam.om <- seqdist(biofam.seq, method = "OM", indel = 3, sm = "TRATE")

#9 clusters
wardCluster <- hclust(as.dist(biofam.om), method = "ward.D2")
cluster9 <- cutree(wardCluster, k = 9)

#State distribution plot
seqdplot(biofam.seq, group = cluster9, with.legend = TRUE)

Answer 2

seqplot函数不允许控制图例的列数，也不允许添加图例标题。因此，您必须自己创建图表，方法是为禁用了图例的每个组生成一个单独的图，然后再添加图例。这是您可以执行的操作：

cluster9 <- factor(cluster9)
levc <- levels(cluster9)
lev <- length(levc)

par(mfrow=c(5,2))
for (i in 1:lev)
   seqdplot(biofam.seq[cluster9 == levc[i],], border=NA, main=levc[i], with.legend=FALSE)
seqlegend(biofam.seq, ncol=4, cex = 1.2, title='States')

======================== 更新，2018年10月1日=================

自TraMineR V 2.0-9起，seqplot函数家族现在支持（如果适用）参数ncol，以控制图例中的列数。要为图例添加标题，您仍然必须按照上述步骤进行操作。