Question

我想在我的蛇文件的一部分python代码中保存一些信息，并让蛇make在运行工作流程时创建的每个实例中的python代码都可以使用这些信息。但是，单独运行工作流应具有自己的独立信息实例。

例如，假设我要在python代码中创建一个UUID，然后在python代码中使用它。但是我希望UUID在工作流的所有正在运行的实例中都相同。相反，每次启动实例时都会创建一个新的UUID。

如果我同时启动两次snakemake，我希望两个运行中的每一个都创建自己的UUID，但是在每次运行中，该运行创建的所有实例都将使用相同的UUID。这该怎么做？

在snakemake对象的某个地方是否存在一个标识符，该标识符在所有实例的一次运行中都保持不变，但是每次运行之间都会发生变化？

这是一个示例，失败并显示“无规则可产生”错误：

import uuid
ID = str(uuid.uuid4())
print("ID:", ID)

rule all:
    output: ID
    run: print("Hello world")

如果使用'shell'代替'run'，它可以正常工作，因此我认为Snakemake在执行规则的“ run”部分时正在重新运行snakefile代码。如何修改它以使其工作，以保留第一个UUID值而不生成第二个UUID？另外，为什么在第一次处理规则时却没有捕获为规则中输出指定的ID，而无需再次调用python代码？由于它与“ shell”一起使用，因此不需要专门进行第二次调用来处理“输出”语句。

Answer 1

实际上，当您使用运行块时，Snakemake会调用自身来执行该作业，这意味着它还会重新解析Snakefile，从而生成新的UUID。在集群上也会发生同样的情况。这样做有很多技术上的原因（性能，Python GIL，酸洗限制，实现的简单性和鲁棒性）。

我不确定您到底想要实现什么，但是看一下它可能会有所帮助：http://snakemake.readthedocs.io/en/stable/project_info/faq.html#i-want-to-pass-variables-between-rules-is-that-possible

Answer 2

我发现了一种似乎可行的方法：使用进程组ID：

ID = str(os.getpgrp())

同一管道的多个实例具有相同的组ID。但是，我不确定在集群上是否仍然如此，也许不是。就我而言，没关系。

Snakemake：如何在相同调用的多个实例之间维护类似蛇的实例值

2 个答案: