与rmarkdown html文档共享数据的首选方式?

时间:2018-07-02 14:17:01

标签: r r-markdown reproducible-research

我创建了一个rmarkdown html文档,以共享R中的分析代码。我也想包含数据,但是我不确定(对于接收者)提供数据的最便捷方法。我可以像这样将CSV嵌入为URI数据方案:

<a download="HUGEvirus.csv" href="`r sprintf('data:text/csv; base64,%s', encoded)`">Download data as CSV</a>

或提供一个HTML表格,范围从原始到花哨:

```{r echo=FALSE}
knitr::kable(iris)
```

我确信还有其他选择。假设数据集的尺寸与数据集::: iris具有相似的维度,那么我该如何共享一个数据集:

-可从大多数平台/软件访问
-可以很容易地读入R
-可以与包含代码的rmarkdown文档打包在一起,即要共享的单个文件
-是最小的文件大小

如果数据集的尺寸大100倍怎么办?

1 个答案:

答案 0 :(得分:0)

检查DT :: datatable。在带有扩展名='buttons'的rmarkdown / html_output和表中使用。 检查一下 https://rstudio.github.io/DT/extensions.html

在带有按钮扩展名的DT :: datatable中绘制数据,将允许用户下载CSV / excel中的部分或全部数据(在Chrome中打开时)。

这将有助于: -用户获取数据 -由于excel / csv,数据可以再次被r读取 -可用于大型数据集(我已经尝试了60,000条以上的记录) -可以通过块选项echo=TRUE

共享代码

希望这会有所帮助。无法共享样本,但是如果您共享一些具有所需输出的数据,我们可以进行测试。干杯!